# 细胞类型注释

ALHENA把空间转录组的信息蒸馏进常规H&E编码器，推理时只读图像。它不回归单个基因，而是让H&E表示去匹配两个冻结转录组模型在细胞和邻域尺度上给出的样本间相似度结构。在TCGA的110个癌种与特征组合上，平均Spearman相关为0.341，高于未适配UNI2-h的0.161；在Thunder病理基准上中位变化为−0.004。

ALHENA把空间转录组的信息蒸馏进常规H&E编码器，推理时只读图像。它不回归单个基因，而是让H&E表示去匹配两个冻结转录组模型在细胞和邻域尺度上给出的样本间相似度结构。在TCGA的110个癌种与特征组合上，平均Spearman相关为0.341，高于未适配UNI2-h的0.161；在Thunder病理基准上中位变化为−0.004。

空间转录组分析长期依赖细胞分割，而分割边界和转录本归属容易出错；无分割方法虽绕开这一步，却往往需要外部单细胞参考或预设细胞类型数。SSAF-T把无分割的细胞类型判定与分割连成一条链：先由智能体CeLLMan依据文献知识图谱和标记基因给聚类贴标签，再把标签铺满整张组织图，并用这张图约束以细胞核为种子的分水岭分割。在Visium HD小鼠小肠、Stereo-seq小鼠脑、Xenium小鼠肾和MERFISH小鼠肝等公开数据上，其细胞类型分布与组织解剖一致，分割结果与Baysor、Cellpose可比，且运行更快。

空间转录组分析长期依赖细胞分割，而分割边界和转录本归属容易出错；无分割方法虽绕开这一步，却往往需要外部单细胞参考或预设细胞类型数。SSAF-T把无分割的细胞类型判定与分割连成一条链：先由智能体CeLLMan依据文献知识图谱和标记基因给聚类贴标签，再把标签铺满整张组织图，并用这张图约束以细胞核为种子的分水岭分割。在Visium HD小鼠小肠、Stereo-seq小鼠脑、Xenium小鼠肾和MERFISH小鼠肝等公开数据上，其细胞类型分布与组织解剖一致，分割结果与Baysor、Cellpose可比，且运行更快。

单细胞调控网络推断不再需要先给细胞分型。此前流程先聚类、再用标记基因标注细胞类型，然后逐群推断网络，聚类和标注的误差会传进网络。NetMap在聚类之前就为每个细胞推断基因调控网络，再用GradientShap把网络边归因到输入基因，在PBMC多组学数据的三个评估案例上聚类分数分别为1.0、0.99和0.99。

单细胞调控网络推断不再需要先给细胞分型。此前流程先聚类、再用标记基因标注细胞类型，然后逐群推断网络，聚类和标注的误差会传进网络。NetMap在聚类之前就为每个细胞推断基因调控网络，再用GradientShap把网络边归因到输入基因，在PBMC多组学数据的三个评估案例上聚类分数分别为1.0、0.99和0.99。