# 细胞分割

空间转录组分析长期依赖细胞分割，而分割边界和转录本归属容易出错；无分割方法虽绕开这一步，却往往需要外部单细胞参考或预设细胞类型数。SSAF-T把无分割的细胞类型判定与分割连成一条链：先由智能体CeLLMan依据文献知识图谱和标记基因给聚类贴标签，再把标签铺满整张组织图，并用这张图约束以细胞核为种子的分水岭分割。在Visium HD小鼠小肠、Stereo-seq小鼠脑、Xenium小鼠肾和MERFISH小鼠肝等公开数据上，其细胞类型分布与组织解剖一致，分割结果与Baysor、Cellpose可比，且运行更快。

空间转录组分析长期依赖细胞分割，而分割边界和转录本归属容易出错；无分割方法虽绕开这一步，却往往需要外部单细胞参考或预设细胞类型数。SSAF-T把无分割的细胞类型判定与分割连成一条链：先由智能体CeLLMan依据文献知识图谱和标记基因给聚类贴标签，再把标签铺满整张组织图，并用这张图约束以细胞核为种子的分水岭分割。在Visium HD小鼠小肠、Stereo-seq小鼠脑、Xenium小鼠肾和MERFISH小鼠肝等公开数据上，其细胞类型分布与组织解剖一致，分割结果与Baysor、Cellpose可比，且运行更快。

空间转录组的细胞分割长期缺少跨平台、带生物学指标的系统比较。一项基准在5种技术、15个数据集、约230万个细胞上评测11种图像、转录组和多模态分割方法，并引入覆盖分割质量、转录本回收、形态、表达纯度与空间组织的指标。按15项指标平均的总分，SAM最高（0.58），其后为SAM2（0.53）、BIDCell（0.52）和SCS（0.48）；按分割细胞数与参考细胞数之比校正后，SCS升至首位（0.34），BIDCell与Baysor同为0.33。

空间转录组的细胞分割长期缺少跨平台、带生物学指标的系统比较。一项基准在5种技术、15个数据集、约230万个细胞上评测11种图像、转录组和多模态分割方法，并引入覆盖分割质量、转录本回收、形态、表达纯度与空间组织的指标。按15项指标平均的总分，SAM最高（0.58），其后为SAM2（0.53）、BIDCell（0.52）和SCS（0.48）；按分割细胞数与参考细胞数之比校正后，SCS升至首位（0.34），BIDCell与Baysor同为0.33。