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Ilia State University

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  1. Nature Methods

    空间转录组切细胞不再靠单一分数:11种方法跨5平台,SAM总分最高、SCS覆盖校正后居首

    空间转录组的细胞分割长期缺少跨平台、带生物学指标的系统比较。一项基准在5种技术、15个数据集、约230万个细胞上评测11种图像、转录组和多模态分割方法,并引入覆盖分割质量、转录本回收、形态、表达纯度与空间组织的指标。按15项指标平均的总分,SAM最高(0.58),其后为SAM2(0.53)、BIDCell(0.52)和SCS(0.48);按分割细胞数与参考细胞数之比校正后,SCS升至首位(0.34),BIDCell与Baysor同为0.33。

  2. 多组学网络推断不再逐样本硬拼:联合建模把稳定性提上来,但先验网络缺到两成时结果归零

    多组学调控网络推断长期按样本各自求解,再靠重叠拼出共有结构,噪声下解不稳定。CORNETO把多个样本放进同一个混合整数约束优化里联合求解,用结构化稀疏惩罚稳定重建。在造血分化与成人脑皮质单细胞数据上,联合推断普遍提高了稳健性与可重复性,但预测性能的增益取决于生物学背景和先验网络的完整程度。

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