空间转录组切细胞不再靠单一分数:11种方法跨5平台,SAM总分最高、SCS覆盖校正后居首
空间转录组的细胞分割长期缺少跨平台、带生物学指标的系统比较。一项基准在5种技术、15个数据集、约230万个细胞上评测11种图像、转录组和多模态分割方法,并引入覆盖分割质量、转录本回收、形态、表达纯度与空间组织的指标。按15项指标平均的总分,SAM最高(0.58),其后为SAM2(0.53)、BIDCell(0.52)和SCS(0.48);按分割细胞数与参考细胞数之比校正后,SCS升至首位(0.34),BIDCell与Baysor同为0.33。