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# SSAF-T

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  1. bioRxiv

    空间转录组不再先切细胞:SSAF-T用文献知识图谱直接判型,再反过来指导分割

    空间转录组分析长期依赖细胞分割,而分割边界和转录本归属容易出错;无分割方法虽绕开这一步,却往往需要外部单细胞参考或预设细胞类型数。SSAF-T把无分割的细胞类型判定与分割连成一条链:先由智能体CeLLMan依据文献知识图谱和标记基因给聚类贴标签,再把标签铺满整张组织图,并用这张图约束以细胞核为种子的分水岭分割。在Visium HD小鼠小肠、Stereo-seq小鼠脑、Xenium小鼠肾和MERFISH小鼠肝等公开数据上,其细胞类型分布与组织解剖一致,分割结果与Baysor、Cellpose可比,且运行更快。

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