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Pusan National University

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  1. bioRxiv

    空间转录组不再先切细胞:SSAF-T用文献知识图谱直接判型,再反过来指导分割

    空间转录组分析长期依赖细胞分割,而分割边界和转录本归属容易出错;无分割方法虽绕开这一步,却往往需要外部单细胞参考或预设细胞类型数。SSAF-T把无分割的细胞类型判定与分割连成一条链:先由智能体CeLLMan依据文献知识图谱和标记基因给聚类贴标签,再把标签铺满整张组织图,并用这张图约束以细胞核为种子的分水岭分割。在Visium HD小鼠小肠、Stereo-seq小鼠脑、Xenium小鼠肾和MERFISH小鼠肝等公开数据上,其细胞类型分布与组织解剖一致,分割结果与Baysor、Cellpose可比,且运行更快。

  2. 双流Transformer融合PTR-ToF-MS挥发物与靶向非挥发代谢物,在24个独立样本上以95.8%准确率区分白牡丹白茶四个等级

    该研究用PTR-ToF-MS采集白牡丹白茶顶空挥发物指纹、用HPLC与氨基酸分析等定量非挥发代谢物,构建双流Transformer分别编码两种模态再融合做四分类,在120个样本(每等级30个,训练96、独立预测24)上取得独立预测集95.8%准确率(23/24)与0.958宏平均F1,仅1个特级样本被误判为一级,训练集内重复分层五折交叉验证平均准确率0.979±0.026,SHAP与注意力分析显示高等级茶与花香/甜香挥发物离子及较高氨基酸、可溶性糖相关,低等级茶与青草/木香挥发物离子及山奈酚相关标记相关。

  3. 用nLw555把东海分成清水与浊水两区后,CatBoost重建的pCO2显示浊水区其实是弱碳源,使常规模型对东海碳汇高估约46%

    该研究以MODIS归一化离水辐亮度nLw555=1.5 mW cm-2 µm-1 sr-1为阈值把东海划分为清水区(CW)与浊水区(TW),用把水体类型作为类别变量的CatBoost模型结合多光谱卫星变量重建2003—2023年海表pCO2,独立测试集整体精度R2=0.86、RMSE=16.55 µatm,浊水区RMSE较常规模型最多降低约81%,21年气候态显示CW均值361.2 µatm、TW均值415.1 µatm,TW为受非热力正异常(+28.09 µatm)驱动的弱净碳源(+0.50 Tg C yr-1),据此估算常规模型对东海总碳吸收高估约46%(约4.04 Tg C yr-1)。

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