# RNA速率

JuloVelo把基因动力学模式识别放在神经网络训练之前：先按未剪接与已剪接RNA的关系把每个基因判为Circle、完全诱导或完全抑制，再用对应模式的预训练权重初始化，避免细胞特异动力学优化收敛到生物学上不合理的参数区间。在覆盖红系生成、神经发生与内分泌发生的八个生物数据集以及带已知动力学的模拟数据上，它比常速率模型和细胞特异模型更稳定，是唯一理清海马神经发生全部五条分化支路的方法，并借助启动子染色质可及性处理多组学数据。

JuloVelo把基因动力学模式识别放在神经网络训练之前：先按未剪接与已剪接RNA的关系把每个基因判为Circle、完全诱导或完全抑制，再用对应模式的预训练权重初始化，避免细胞特异动力学优化收敛到生物学上不合理的参数区间。在覆盖红系生成、神经发生与内分泌发生的八个生物数据集以及带已知动力学的模拟数据上，它比常速率模型和细胞特异模型更稳定，是唯一理清海马神经发生全部五条分化支路的方法，并借助启动子染色质可及性处理多组学数据。

胶质母细胞瘤的恶性细胞状态此前被当作彼此并列的亚型，单次活检难以代表整个肿瘤。对12例IDH野生型原发肿瘤、57个取样位点做单核转录组与空间转录组配对图谱后，恶性细胞呈现一条从发育样状态走向胶质损伤反应与缺氧状态的轨迹，并在空间上按浸润边缘到坏死核心分层；该轨迹在肿瘤亚型之间和遗传上不同的亚克隆之间都出现，并在患者来源类器官中重现。

胶质母细胞瘤的恶性细胞状态此前被当作彼此并列的亚型，单次活检难以代表整个肿瘤。对12例IDH野生型原发肿瘤、57个取样位点做单核转录组与空间转录组配对图谱后，恶性细胞呈现一条从发育样状态走向胶质损伤反应与缺氧状态的轨迹，并在空间上按浸润边缘到坏死核心分层；该轨迹在肿瘤亚型之间和遗传上不同的亚克隆之间都出现，并在患者来源类器官中重现。

单细胞转录组快照同时包含细胞在轨迹上的位置和表达变化方向，此前两类信息往往分别估计。ManifoldVelo把每个细胞放到一条可微的未剪接/剪接RNA表达曲线上，并让曲线导数与转录—剪接—降解动力学场在观测细胞之间也对齐，从而联合拟合细胞坐标、表达曲线和动力学参数。在多峰周期模拟中，它只用剪接RNA查询得到的环状时间误差为0.64%和7.40%，剪接速度余弦为0.9776和0.9421；在真实数据中，WT2的相位误差相对记录的VeloCycle结果下降47.0%，而WT1和光滑周期模拟则由VeloCycle更优。

单细胞转录组快照同时包含细胞在轨迹上的位置和表达变化方向，此前两类信息往往分别估计。ManifoldVelo把每个细胞放到一条可微的未剪接/剪接RNA表达曲线上，并让曲线导数与转录—剪接—降解动力学场在观测细胞之间也对齐，从而联合拟合细胞坐标、表达曲线和动力学参数。在多峰周期模拟中，它只用剪接RNA查询得到的环状时间误差为0.64%和7.40%，剪接速度余弦为0.9776和0.9421；在真实数据中，WT2的相位误差相对记录的VeloCycle结果下降47.0%，而WT1和光滑周期模拟则由VeloCycle更优。