细胞轨迹与RNA动力学不再分开拟合:ManifoldVelo让周期与分支共用一条连续表达曲线
单细胞转录组快照同时包含细胞在轨迹上的位置和表达变化方向,此前两类信息往往分别估计。ManifoldVelo把每个细胞放到一条可微的未剪接/剪接RNA表达曲线上,并让曲线导数与转录—剪接—降解动力学场在观测细胞之间也对齐,从而联合拟合细胞坐标、表达曲线和动力学参数。在多峰周期模拟中,它只用剪接RNA查询得到的环状时间误差为0.64%和7.40%,剪接速度余弦为0.9776和0.9421;在真实数据中,WT2的相位误差相对记录的VeloCycle结果下降47.0%,而WT1和光滑周期模拟则由VeloCycle更优。