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# 轨迹重建

4 篇关联报道

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  1. bioRxiv

    单细胞测序只能看到离散快照:潜在细胞状态模型补出未观测时间点的基因表达

    单细胞RNA测序在测量时破坏细胞,且只在离散时间点采样,因此同一细胞的表达谱无法被连续追踪。Latent Cell-State Model把细胞状态转移近似为马尔可夫链,并引入一个低维连续潜变量,在给定细胞状态、时间与基因的条件下生成表达计数。在胰腺发育与Waddington-OT重编程两个数据集上,该模型对留出时间点生成样本与真实样本的最大均值差异分别为0.011和0.006(胰腺第3天、第6天)以及0.030和0.018(重编程第3.5天、第4天),低于所比较的三种方法。

  2. researchsquare.com

    百万颗小行星的轨道不再靠软约束硬撑:辛几何图神经ODE把位置误差压到1.8×10⁻⁴ AU

    针对大规模小行星群在观测中断期间轨道重建会漂移的问题,一种把辛几何结构写进网络的图神经ODE被提出:它不再用软惩罚项近似守恒律,而是让哈密顿量直接生成运动方程,并用行星影响球半径调节天体间的消息传递。在覆盖主带、木星特洛伊、近地小行星和半人马族的百万体模拟上,平均位置误差为1.8005×10⁻⁴ AU,能量漂移为8.42×10⁻⁵;在NASA JPL Horizons给出的99942 Apophis真实星历上,60天观测空白内平均位置误差为1.7983×10⁻⁴ AU。

  3. arXiv

    TrackEverything 用体素去重把稠密 3D 点跟踪推到 1000 帧以上,短片段 APD 比开源全帧稠密跟踪器高 20% 以上

    TrackEverything 把视频表示为世界坐标系下持久化的 3D 场景轨迹,通过滑窗边界上的体素化去重、先端点后轨迹的分解以及 3D WAFT 特征采样,在 40 GB 显存内首次实现对超过 1000 帧视频中全部可见点的稠密 3D 跟踪,在 TAPVid-3D 短片段上比所有开源全帧稠密 3D 跟踪器高出 20% 以上 APD,并在长序列上与最先进稀疏跟踪器保持竞争力。

  4. PLoS Biology

    AlloPool:从分子动力学模拟中推断蛋白质别构的图神经网络框架

    该研究提出 AlloPool——一个基于图神经网络、通过时间注意力与迭代边池化从平衡与非平衡分子动力学轨迹中学习最小化、随时间演化的残基相互作用网络的框架,在 Pin1、GAIN 机械感受域、D2 与 β1 肾上腺素受体、SdrG 黏附素、PDZ3 及 Engrailed 同源域等体系中以亚埃级 RMSD 重建轨迹,并据此映射别构通路、预测配体药理学、力学加载状态与突变效应。

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