# 系统发育推断

CRISPR谱系记录能追踪数十万细胞的祖先，但基于似然的建树方法要在树空间里反复搜索，规模一大就难以承受。HERACLES把每个细胞表示为双曲空间中的点，只对采样的细胞四元组计算CRISPR编辑似然，用梯度直接优化这些坐标，收敛后再做一次邻接法得到完整系统树。在模拟基准上它的重建误差低于LAML、Startle-NNI和距离类方法，并能在单块GPU上约四小时处理15万个细胞。

CRISPR谱系记录能追踪数十万细胞的祖先，但基于似然的建树方法要在树空间里反复搜索，规模一大就难以承受。HERACLES把每个细胞表示为双曲空间中的点，只对采样的细胞四元组计算CRISPR编辑似然，用梯度直接优化这些坐标，收敛后再做一次邻接法得到完整系统树。在模拟基准上它的重建误差低于LAML、Startle-NNI和距离类方法，并能在单块GPU上约四小时处理15万个细胞。