单细胞多组学速度模型学会扰动:在Arid1a缺失B细胞里点名三个可救靶点,小鼠验证全部奏效
DynaVelo把单细胞多组学中的RNA表达与转录因子基序可及性放进同一个神经微分方程,学出可被干预的速度场,而不只是画轨迹。在野生型小鼠生发中心B细胞上,它复现暗区增殖、向亮区转换与再循环的分支;在Arid1a杂合缺失细胞上,它提名Ctcf、Stat3和Bcl6为挽救靶点,三种双杂合小鼠的暗区表型均被拉回。
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DynaVelo把单细胞多组学中的RNA表达与转录因子基序可及性放进同一个神经微分方程,学出可被干预的速度场,而不只是画轨迹。在野生型小鼠生发中心B细胞上,它复现暗区增殖、向亮区转换与再循环的分支;在Arid1a杂合缺失细胞上,它提名Ctcf、Stat3和Bcl6为挽救靶点,三种双杂合小鼠的暗区表型均被拉回。
该研究利用国际血液与骨髓移植研究中心(CIBMTR)登记数据,评估2022年3月至2023年12月接受商业化cilta-cel治疗的541例复发/难治多发性骨髓瘤患者,发现183例(33.8%)按改编简化虚弱评分归为虚弱,其总体缓解率与非虚弱者相近(82.8%对88.5%),但12个月无进展生存(62.7%对75.9%)和总生存(72.8%对90.4%)更差,任何级别ICANS发生率更高(32.2%对17.6%),多因素分析中虚弱独立预测更差的无进展生存(HR 1.67)、总生存(HR 2.46)和任何级别ICANS(OR 2.01)。
该文介绍Amazon Bio Discovery团队的三项工作:MochiBind以序列为基础、通过成对比较与TrueSkill聚合实现跨抗原的抗体-抗原结合强度排序,在四个留出抗原上成对准确率高于所有基于结构的基线,并在CPU上约13秒完成20万对打分;CA-MAP以文本提示中的示例抗体捕捉批次偏移,在模拟批次效应下保持0.99相关性而常规微调降至0.58,且仅约18.2万可训练参数、推理约快200倍;第三项工作用热点推荐智能体协调七种生物信息学工具、三种生成模型各产出9.6万个设计,经酵母表面展示筛选后116个候选均不与无关对照蛋白结合,其中46个被判定为强结合体。
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