# 蛋白质工程

稀疏自编码器把ProteinMPNN编码器每层128维的稠密隐空间扩展成过完备稀疏空间，使单个维度与二级结构、残基体积、残基形状、二硫键及配体配位等蛋白特征出现相关。在Brolucizumab短链可变片段上，调高与支链氨基酸相关维度的mod=0、0.5、1三个候选在433 K分子动力学模拟中的RMSD低于原始序列、ProteinMPNN序列和GeoEvoBuilder序列，而调高幅度最大的mod=2在该温度下明显去折叠；未做激活调整的mod=0同样改善，说明稀疏自编码器本身也改变了预测。

稀疏自编码器把ProteinMPNN编码器每层128维的稠密隐空间扩展成过完备稀疏空间，使单个维度与二级结构、残基体积、残基形状、二硫键及配体配位等蛋白特征出现相关。在Brolucizumab短链可变片段上，调高与支链氨基酸相关维度的mod=0、0.5、1三个候选在433 K分子动力学模拟中的RMSD低于原始序列、ProteinMPNN序列和GeoEvoBuilder序列，而调高幅度最大的mod=2在该温度下明显去折叠；未做激活调整的mod=0同样改善，说明稀疏自编码器本身也改变了预测。

UCB与Cradle宣布战略合作，把Cradle的AI蛋白质设计平台用于UCB选定的抗体发现项目，覆盖从命中生成、先导优化到临床前就绪的环节。此前UCB的数字抗体工程依托自有抗体发现平台，再结合计算科学与外部技术伙伴。合作中，实验数据会持续回灌到项目专属模型，形成“实验室在环”的累积学习循环，用于同时优化候选分子的多项性质。

UCB与Cradle宣布战略合作，把Cradle的AI蛋白质设计平台用于UCB选定的抗体发现项目，覆盖从命中生成、先导优化到临床前就绪的环节。此前UCB的数字抗体工程依托自有抗体发现平台，再结合计算科学与外部技术伙伴。合作中，实验数据会持续回灌到项目专属模型，形成“实验室在环”的累积学习循环，用于同时优化候选分子的多项性质。

酶工程生成模型此前多在氨基酸层面优化，很少同时考虑编码序列与宿主表达。EZPro-Fit把蛋白质三维结构、编码序列和分类学信息放进同一个生成框架，先在嗜热微生物数据上预训练，再用高表达大肠杆菌基因微调，从而直接由结构生成宿主适配的编码序列。在工业内切葡聚糖酶Cel5E上，该框架给出的N291D与D259E两个变体在实验中同时提高了熔解温度和催化活性。

酶工程生成模型此前多在氨基酸层面优化，很少同时考虑编码序列与宿主表达。EZPro-Fit把蛋白质三维结构、编码序列和分类学信息放进同一个生成框架，先在嗜热微生物数据上预训练，再用高表达大肠杆菌基因微调，从而直接由结构生成宿主适配的编码序列。在工业内切葡聚糖酶Cel5E上，该框架给出的N291D与D259E两个变体在实验中同时提高了熔解温度和催化活性。