ProteinMPNN的隐空间被拆成可读维度：二级结构、残基体积与血红素配位各自成轴，拨动支链氨基酸轴可改变抗体片段序列
稀疏自编码器把ProteinMPNN编码器每层128维的稠密隐空间扩展成过完备稀疏空间，使单个维度与二级结构、残基体积、残基形状、二硫键及配体配位等蛋白特征出现相关。在Brolucizumab短链可变片段上，调高与支链氨基酸相关维度的mod=0、0.5、1三个候选在433 K分子动力学模拟中的RMSD低于原始序列、ProteinMPNN序列和GeoEvoBuilder序列，而调高幅度最大的mod=2在该温度下明显去折叠；未做激活调整的mod=0同样改善，说明稀疏自编码器本身也改变了预测。