酶设计不再只改氨基酸：从结构直接生成大肠杆菌可表达的编码序列，Cel5E两个位点同时升温又提活
酶工程生成模型此前多在氨基酸层面优化，很少同时考虑编码序列与宿主表达。EZPro-Fit把蛋白质三维结构、编码序列和分类学信息放进同一个生成框架，先在嗜热微生物数据上预训练，再用高表达大肠杆菌基因微调，从而直接由结构生成宿主适配的编码序列。在工业内切葡聚糖酶Cel5E上，该框架给出的N291D与D259E两个变体在实验中同时提高了熔解温度和催化活性。
以 mRNA 稳定性为设计目标的序列优化提升 CHO 细胞中单克隆抗体产量
该研究将 mRNA 稳定性作为可调控的密码子优化设计参数，构建 IgG1 轻链同义编码序列组合文库并单拷贝整合到 CHO 细胞固定基因组位点，用 gDNA 与 mRNA 深度测序得到的稳态 mRNA 丰度作为稳定性代理指标，训练基于预训练核苷酸 transformer 嵌入的丰度预测模型，并将其与翻译指标一起纳入遗传算法进行多目标密码子优化；以 Trastuzumab 编码序列为概念验证，高丰度设计相对低丰度设计使胞内 mRNA 提高 41%、蛋白滴度提高 59%、细胞比生产率提高 85%，相对两家商业供应商基准序列滴度提高 70%、比生产率提高 98%，而活细胞密度相当。
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