干扰素刺激基因被误判为批次效应:先拆开条件效应,再算基因级批次敏感度
在跨条件单细胞数据里,原有的基因级批次效应指标会把受刺激条件驱动的基因误判为高批次敏感基因。条件感知GTE在计算前先用scDisInFact把条件效应与批次效应拆开,为每个基因给出条件驱动分数,再按该分数对原指标做乘性惩罚。在8名供者、29,065个细胞的干扰素-β刺激PBMC数据上,惩罚指数取3时,18个已知干扰素刺激基因的平均排名位移达870.2,而核糖体对照基因仍保持在基线波动内。
在跨条件单细胞数据里,原有的基因级批次效应指标会把受刺激条件驱动的基因误判为高批次敏感基因。条件感知GTE在计算前先用scDisInFact把条件效应与批次效应拆开,为每个基因给出条件驱动分数,再按该分数对原指标做乘性惩罚。在8名供者、29,065个细胞的干扰素-β刺激PBMC数据上,惩罚指数取3时,18个已知干扰素刺激基因的平均排名位移达870.2,而核糖体对照基因仍保持在基线波动内。
该工作提出非单调上导数牛顿法(NCN),用梯度映射的Mordukhovich上导数构造广义Hessian,并引入混合自适应非单调(HAN)线搜索与两种自适应正则化策略;在标准假设下证明了精确与不精确二阶信息下的全局收敛及局部超线性收敛,并在Lasso、SVM与Logistic Lasso实验中取得有竞争力的迭代数与CPU时间。
研究对英国生物银行24,638名糖尿病前期参与者,用LASSO与弹性网络从核磁共振代谢组学标志物中筛出16项指标,再以k均值聚类在训练集(12,322人)中分出低、中、高代谢风险三个亚型,并在验证集(12,316人)中验证其2型糖尿病、心血管病和慢性肾病风险依次升高,同时发现饮食质量与结局的关联在不同亚型间存在差异,并以孟德尔随机化提示若干代谢标志物与结局可能存在因果联系。
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