冷冻电镜能重建出密度图，却常常说不清图里是哪个分子；面对质谱或基因组给出的成百上千条候选序列，人工比对成了瓶颈。cryoID2用三个三维U-Net从图中预测结构类别、关键原子位置和简化后的残基或核苷酸类型，据此生成短序列片段去排序候选，再把候选对应的PDB或AlphaFold模型刚体拟合回密度图并按吻合度排序。在一个166条质谱候选池中，它把PF3D7_1446200/PfA-M17排在首位，并选出PDB 4ZX8为最佳结构模型；RNA一侧则在基因组非编码候选池中把含Ca-raiA的区间排到第四，最终由结构评估把PDB 9E73排到第一。
冷冻电镜的常规流程先把二维投影重建成三维密度图，再单独拟合原子模型，原子坐标先验在最欠定的阶段用不上。EB-FM 把流匹配先验的训练放进蒙特卡洛随机近似期望最大化循环，在训练中反复反演非线性的成像前向模型，因此不需要干净结构做预训练。在已知姿态的模拟冷冻电镜数据上，它直接在原子坐标空间恢复四种蛋白的构象分布，但预测的构象运动幅度仍低于分子动力学真值。
这组证据以《自然》一篇新闻特写为主，报道布鲁克（Bruker）将把首台以液氦在近绝对零度稳定运行的扫描透射电子显微镜 GAIA 交付加拿大、德国和美国的三家实验室（可在约−266 °C / 7 K 下成像 30 小时以上），并回顾了此前的技术路线：2025 年美国团队报道的液氦 TEM 附件可在 −253 °C（20 K）下实现原子分辨率稳定成像十余小时，condenZero 的液氦附件可到约 4 K、维持 24 小时但不以原子分辨率为目标，以及 Idrobo 2021 年关于像差校正与多项技术组合的评述。
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