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Qibo Xu

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  1. bioRxiv

    冷冻电镜图不再只给形状:cryoID2把序列与结构一起比对,从166个蛋白里认出PfA-M17

    冷冻电镜能重建出密度图,却常常说不清图里是哪个分子;面对质谱或基因组给出的成百上千条候选序列,人工比对成了瓶颈。cryoID2用三个三维U-Net从图中预测结构类别、关键原子位置和简化后的残基或核苷酸类型,据此生成短序列片段去排序候选,再把候选对应的PDB或AlphaFold模型刚体拟合回密度图并按吻合度排序。在一个166条质谱候选池中,它把PF3D7_1446200/PfA-M17排在首位,并选出PDB 4ZX8为最佳结构模型;RNA一侧则在基因组非编码候选池中把含Ca-raiA的区间排到第四,最终由结构评估把PDB 9E73排到第一。

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