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Daniel Aibinder

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  1. arXiv

    冷冻电镜不必先重建密度图:EB-FM 直接从二维投影学出原子坐标构象分布

    冷冻电镜的常规流程先把二维投影重建成三维密度图,再单独拟合原子模型,原子坐标先验在最欠定的阶段用不上。EB-FM 把流匹配先验的训练放进蒙特卡洛随机近似期望最大化循环,在训练中反复反演非线性的成像前向模型,因此不需要干净结构做预训练。在已知姿态的模拟冷冻电镜数据上,它直接在原子坐标空间恢复四种蛋白的构象分布,但预测的构象运动幅度仍低于分子动力学真值。

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