Merck & Co., Inc., Rahway, NJ, USA (United States)

含非天然氨基酸的肽把可设计空间推到10⁵⁰量级，穷举筛选已不可行。PepOpt把每个残基编码成位置特异的分子指纹，用线性回归预测活性，再用动态规划在加法假设下确定性地找出全局最优序列。在11个内部肽系列上，它的预测与非线性模型相当或更好，并在10²⁰与10⁵⁰两个空间中给出比遗传算法更高的预测分数。

含非天然氨基酸的肽把可设计空间推到10⁵⁰量级，穷举筛选已不可行。PepOpt把每个残基编码成位置特异的分子指纹，用线性回归预测活性，再用动态规划在加法假设下确定性地找出全局最优序列。在11个内部肽系列上，它的预测与非线性模型相当或更好，并在10²⁰与10⁵⁰两个空间中给出比遗传算法更高的预测分数。

该研究在多智能体假设生成流程中，固定起始假设并重放下游流程，用LLM评判配对假设是否描述同一机制：从0轮到1轮自我批判带来34.5个百分点的额外机制分歧，而1轮到5轮仅增加1.3个百分点；在受控扰动下，三种等价规则对保义改写均不变，但当起始事件被替换时，LLM评判将83%的配对判为不同机制，TF-IDF为0%、嵌入为8%，仅改变评判标准即可使该比例从38%升至96%。

该研究在多智能体假设生成流程中，固定起始假设并重放下游流程，用LLM评判配对假设是否描述同一机制：从0轮到1轮自我批判带来34.5个百分点的额外机制分歧，而1轮到5轮仅增加1.3个百分点；在受控扰动下，三种等价规则对保义改写均不变，但当起始事件被替换时，LLM评判将83%的配对判为不同机制，TF-IDF为0%、嵌入为8%，仅改变评判标准即可使该比例从38%升至96%。