T细胞克隆组织不再依赖TCR测序：CloneTrast仅凭转录组推断克隆生态位
CloneTrast把配对单细胞RNA与TCR测序中的克隆身份当作训练标签，让模型只从基因表达学习T细胞的克隆功能状态，推理时不再需要TCR数据。训练使用26个数据集、14种癌症、逾150万个T细胞，另以11个数据集、逾100万个T细胞作外部测试，其中两种癌症类型未在训练中出现。在训练集与测试集上，患者克隆纯度均显著优于常规表达嵌入，并识别出一个富含肿瘤-血液共享TCR的NK样生态位，该生态位在多个研究中与免疫治疗无应答相关。