质谱测序不再只靠谱图：PepPr把参考蛋白组当先验，九物种召回中位提升15.8个百分点
PepPr把参考蛋白组训练出的肽段语言模型作为先验，在自回归解码的每一步与谱图证据融合，而不是只在事后修正结果。在九个物种数据集上，以Casanovo为基座时肽段召回中位提升15.8个百分点，九个物种全部改善；在单氨基酸变异与抗体数据上，变异识别没有被压制，跨可变区—恒定区边界的肽段召回从0.23升到0.68。
卵巢附件包块不必先锁定标志物：单次血浆蛋白组学分类在五个验证队列汇总AUC达0.835
卵巢附件包块的术前分诊长期依赖CA-125、HE4与超声O-RADS，敏感性和特异性都有限。ADAPT-MS不预设固定标志物组合，而是针对每个样本实际测到的蛋白重新训练分类器，直接读取发现模式的血浆质谱数据。在五个独立验证队列共623例中，该分类器汇总AUC为0.835，与O-RADS单独使用相当，与O-RADS合并后升至0.922。
GRACE 用几何残差与加合物早融合预测碰撞截面，在随机、骨架与加合物敏感划分上取得 1.67%、2.11%、2.36% 的平均百分比差异
GRACE 是一种三维碰撞截面（CCS）预测器，它通过几何残差加合物条件化与早融合来适配预训练的分子几何编码器，在超过 9,000 条实验分子-加合物 CCS 记录上，于随机、骨架和加合物敏感三种划分中取得所评估学习模型里最佳的平均百分比差异（分别为 1.67%、2.11%、2.36%），并在四个独立外部测试集上误差一致更低，在留出集上相较四个已报道的物理工作流也取得最低平均百分比差异。
脑内“微蛋白”图谱为阿尔茨海默病研究提供新线索
该研究结合质谱、RNA测序与核糖体图谱分析608份阿尔茨海默病患者与非患者的死后背外侧前额叶皮层样本，鉴定出4,321种微蛋白（其中3,217种未见于UniProtKB/Swiss-Prot标准人类蛋白目录），并用深度学习模型对3,001种微蛋白的质谱鉴定置信度排序，其中1,067种获高置信度评级，同时发现数十种微蛋白在阿尔茨海默病患者中表达改变，构建了迄今规模最大的阿尔茨海默病微蛋白图谱并公开数据。
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