# SE(3)流匹配

蛋白质构象集合生成此前把残基间的协调运动隐含在学到的分布里，难以直接控制。CoMoFlow从平衡结构构造蛋白特异的集体模式，学习这些模式系数在分子动力学集合中的分布，再用采样得到的集体位移通过特征条件化和平移先验重定心引导SE(3)流匹配。在ATLAS与从头设计蛋白两个基准上，它相对BBFlow把DCCM相关从0.87/0.83提高到0.93/0.89、PCA距离从1.33/0.67降到1.21/0.59，并支持沿选定模式按方向和幅度调节生成构象。

蛋白质构象集合生成此前把残基间的协调运动隐含在学到的分布里，难以直接控制。CoMoFlow从平衡结构构造蛋白特异的集体模式，学习这些模式系数在分子动力学集合中的分布，再用采样得到的集体位移通过特征条件化和平移先验重定心引导SE(3)流匹配。在ATLAS与从头设计蛋白两个基准上，它相对BBFlow把DCCM相关从0.87/0.83提高到0.93/0.89、PCA距离从1.33/0.67降到1.21/0.59，并支持沿选定模式按方向和幅度调节生成构象。

蛋白质基序支架通常要求基序在序列中的位置和几个刚性片段之间的相对姿态都事先给定，而许多应用两者都没有。NomadFlow 把每个基序组作为条件输入，用组投影精确保持组内几何，并让各组在生成的前半程独立移动，之后固定为条件完成支架。在由 Protpardelle 任务改造的 21 个多组任务上，19 个取得唯一成功；与同一残基集固定为单一刚体的对照相比，成功率中位比为 0.57，而唯一成功数中位比为 1.00。

蛋白质基序支架通常要求基序在序列中的位置和几个刚性片段之间的相对姿态都事先给定，而许多应用两者都没有。NomadFlow 把每个基序组作为条件输入，用组投影精确保持组内几何，并让各组在生成的前半程独立移动，之后固定为条件完成支架。在由 Protpardelle 任务改造的 21 个多组任务上，19 个取得唯一成功；与同一残基集固定为单一刚体的对照相比，成功率中位比为 0.57，而唯一成功数中位比为 1.00。