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生命科学

185 条内容

  1. bioRxiv

    2011年西澳海洋热浪导致海草大面积消失后,Shark Bay宽吻海豚成年存活率从0.99降至0.85,两个海湾种群数量分别减少39%和36%

    该研究利用2003至2023年共20年的海豚照片识别数据,拟合贝叶斯隐马尔可夫模型,估计澳大利亚Shark Bay西湾(WSB)与东湾(ESB)印太瓶鼻海豚(Tursiops aduncus)按年龄组划分的年存活率、丰度与补充率,并考察其与2011年海洋热浪引发的海草损失之间的关联,发现成年存活率在WSB由热浪前的0.99(0.98-1.00)降至热浪后的0.85(0.79-0.90)、在ESB由0.96(0.92-0.98)降至0.89(0.85-0.95),幼体和仔豚存活率下降幅度较小,两个海湾补充率均下降(WSB自2019年起出现恢复,ESB持续下降至研究结束),种群丰度在WSB下降39%、
  2. Journal of Intelligent Media Computing

    用二维图像提取心围与体长并结合年龄性别,XGBoost 在未见过的 Surti 山羊上实现 R²=0.7955 的体重预测

    该研究用 Mask R-CNN 从二维图像中分割山羊并提取心围与体长,再与年龄、性别元数据组合,训练 XGBoost、Random Forest 与 CatBoost 并以 0.5/0.3/0.2 权重集成,在按 Animal ID 分组划分的验证集(37 只)上 XGBoost 取得 R²=0.8514(RMSE=4.26 kg、MAE=3.47 kg、MAPE=16.27%),在完全未见的测试集(37 只)上 XGBoost 表现最佳,R²=0.7955(MSE=29.15 kg²、RMSE=5.40 kg、MAE=4.01 kg、MAPE=16.38%),加权集成则为 R²=0.7713(MSE=32.60 kg²、RMSE=5.71 kg、
  3. bioRxiv

    RNASeek 以 16 亿参数跨门转录组模型实现 RNA 功能预测与 GRPO 引导设计,生成核酶达野生型活性、3′ UTR 超越训练数据

    作者提出 RNASeek——一个基于 DeepSeek 架构、在跨门转录组语料上训练的 16 亿参数生成式基础模型,用自然语言 token 实现条件预测与序列设计;该模型在零样本下捕捉物种特异性转录特征与内含子-外显子边界,经微调可预测核酶自切割活性与病毒 mRNA 稳定性并揭示环柔性、茎稳定性及 AU 富集基序等可解释特征,再以这些功能预测器作为奖励模型、用 GRPO 更新生成策略,产出满足用户指定 IUPAC 约束的更快切割核酶与增强稳定性的 3′ UTR,其中实验验证的生成核酶达到野生型活性水平,生成的 3′ UTR 超过训练数据与已基准测试的 AI 生成 3′ UTR 的表现。
  4. Research Square

    研究通过转录组与单细胞测序锁定COPD脂毒性相关标志物APRT与S100A8,并用RT-qPCR与列线图加以验证

    该研究利用公共数据库中的COPD相关数据集,通过差异表达分析、机器学习与基因表达分析筛选出APRT和S100A8两个与脂毒性相关的COPD标志物(APRT在COPD样本中表达显著降低、S100A8显著升高),并以RT-qPCR加以支持,构建并验证了预测COPD风险的列线图(Hosmer-Lemeshow检验P=0.395),同时发现两者共同富集于“focal adhesion”通路、与中性粒细胞显著相关,预测出27种靶向APRT的药物(如alteplase、relaxin)和靶向S100A8的methotrexate,单细胞测序提示巨噬细胞为COPD关键细胞类型并观察到两标志物在巨噬细胞分化中的
  5. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology

    敲除结核分枝杆菌小RNA MTS0997与MTS1338后,小鼠存活期缩短而肺部菌量不变

    研究者构建了缺失MTS0997、MTS1338及双缺失的无标记结核分枝杆菌敲除株,在培养生长、IFN-γ激活或未激活的小鼠骨髓来源巨噬细胞以及高易感I/St小鼠感染三种情境下做全基因组表达谱分析,发现MTS0997缺失对细菌生物学影响更大(琥珀酸/延胡索酸呼吸改变、ESX-1分泌系统基因上调、对小鼠毒力增强、肺部促炎细胞因子产生减少),三个敲除株感染小鼠的存活期均显著短于野生型,但感染6周肺部CFU无差异,单敲除与双敲除株在肺部B细胞与MHC-II表达细胞群上的差异提示转录上位效应。
  6. Frontiers in Immunology

    丹皮酚在LL-37诱导的玫瑰痤疮样小鼠中减轻皮损,并与S100A9-NF-κB信号受抑相关

    该研究以网络药理学预测丹皮酚与玫瑰痤疮的共同靶点,并在LL-37诱导的玫瑰痤疮样BALB/c小鼠模型中验证:150 mg/kg丹皮酚显著降低红斑面积与评分、减轻炎症细胞与CD4+ T细胞浸润及血管生成,同时下调S100A9与p65磷酸化,提示其疗效与S100A9-NF-κB信号受抑相关。
  7. Nature News

    中国在体内CAR-T试验中占据主导,而一项胰腺癌研究揭示肝脏如何用丝氨酸喂养转移灶

    《自然》报道称,在140种处于动物或人体测试阶段的体内CAR-T细胞药物中,82%由中国团队开发,中国已通过研究者发起的试验路径成为该类疗法的快速推进者;同一证据包中的一项《自然》研究则显示,缺乏PHGDH的胰腺癌细胞通过CXCL5–CXCR2–PI3K–AKT–FOXO3A轴重编程邻近肝细胞,使其上调PHGDH并分泌丝氨酸,从而支撑肝转移灶的生长。
  8. Nature News

    移植心脏会向宿主靠拢其生物学年龄:小鼠与11例人体移植均显示供体心脏"变老"或"回春"

    哈佛大学Jesse Poganik团队将年轻、中年与老年小鼠的心脏互相移植,并在约32万个基因组区域测量DNA甲基化,发现移植心脏的生物学年龄会向受体靠拢;随后在波士顿布莱根妇女医院11例供受体年龄差较大的历史心脏移植活检样本中观察到同样效应,而心率、后壁厚度与运动能力等部分功能指标更贴近受体年龄而非供体年龄。
  9. bioRxiv

    研究团队构建覆盖21种成人组织的单核多组学图谱,解析459,856个转录组与染色质可及性图谱并识别161,270个新调控元件

    该研究构建了一个单核多组学图谱,包含来自21种成人组织和4名供体的459,856个转录组与染色质可及性图谱(其中160,688个细胞核为配对测量),解析出9个细胞谱系、61种宽泛细胞类型和313个亚群,识别出1,085,062个候选顺式调控元件(含161,270个ENCODE未收录的新元件),并利用该数据训练序列到功能模型,对548,656个精细定位变异预测染色质可及性效应,识别出18,133个高效应变异(含1,120个广泛活跃变异)。
  10. arXiv

    在MoleculeNet BBBP(n=2039)上,动态随机森林结合特征取得最高平均AUC 0.970,而正交化后LogP与血脑屏障通透性的条件效应均不再显著

    该研究在MoleculeNet BBBP数据集(n=2039)上系统消融三类分子特征空间(Morgan指纹、RDKit理化描述符、SMILES二元组)并比较四种学习算法,发现动态随机森林使用组合特征取得最高平均AUC(0.970,95% CI:0.963-0.977),随后以LogP中位数分割构造伪处理并采用双重/去偏机器学习进行探索性异质性估计,结果显示正交化显著削弱了朴素因果森林检测到的异质性,经错误发现率校正后无任何条件效应显著(最小校正p=0.082),正交化后的特征重要性转向SMILES二元组中的残差结构信息。

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