生命科学
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丹麦基金会资助数据显示子宫内膜异位症研究仅获17.4万欧元,而糖尿病获2.55亿欧元;小鼠研究提示改造后的尼氯酰胺可逆转病灶诱导的巨噬细胞变化
一篇《自然》新闻报道介绍了一项发表于《Advanced Healthcare Materials》的小鼠研究,该研究改造了抗寄生虫药尼氯酰胺以靶向子宫内膜异位症相关细胞;同时,一篇《npj Women's Health》分析显示,在丹麦前100家资助型基金会中,子宫内膜异位症研究仅获得173,958欧元,而糖尿病获得254,908,430欧元、炎症性肠病获得325,940欧元,媒体提及量也相差悬殊。
Merriam-Webster 收录 agentic、vibe coding 等 AI 词汇,Nature 同期报道 Google DeepMind 用 SynthIDBio 给 AI 生成蛋白质打水印
Nature 报道称 Merriam-Webster 于九月新增 agentic、AGI、natural language processing、prompt engineering、vibe coding 等 AI 与计算术语以及 biohack、direct air capture、geoengineering、uncanny valley 等技术词,词典编纂者 Peter Sokolowski 指出这批词需要较专业知识才能理解,认知科学家 Lera Boroditsky 认为技术加速推动语言变化;同一证据包中的 Nature 论文则提出 SynthIDBio,用 SynthID-text 的 tournament sampling 改造 Prote
SynthID Bio 概念验证:为 AI 生成的蛋白质加入水印并保持其生物功能
该工作提出并验证了 SynthID Bio 这一概念验证方案,用于对 AI 生成的蛋白质进行水印标记,同时在标记后保持蛋白质的生物学功能。
Delaunay加权两样本检验:利用几何方向信息在高维流形数据上检测协方差主方向差异
作者提出Delaunay加权两样本检验:在低维流形假设下用Delaunay三角剖分定义同时包含测地距离与相对方向的Delaunay权重,以组内Delaunay权重均值作为检验统计量并用置换法计算p值,理论上证明原假设下渐近正态、备择假设下相合,模拟显示在两分布协方差主方向不同时功效显著优于k-NN、k-MST、核检验、e-distance、协方差检验与回归检验,并在小鼠蛋白表达数据上以p=0.011检出药物治疗组差异。
整合代谢组学、孟德尔随机化与机器学习,研究锁定苯丙氨酸及其转运体SLC6A14作为胰腺癌诊断与治疗候选靶点
该研究整合血浆代谢组学、孟德尔随机化与机器学习,在55种血浆代谢物中确认苯丙氨酸与胰腺癌存在因果关联(IVW OR=1.641,95% CI 1.052–2.562,p=0.029),据此筛选出8个相关差异基因并用12种算法共113种组合构建随机森林诊断模型(训练集AUC 0.994,三个外部验证集AUC 0.918、0.983、0.923),再以SHAP锁定SLC6A14为核心基因,通过单细胞测序、模拟基因敲除、分子对接与动力学模拟提示染料木素(genistein)可稳定结合SLC6A14,并在BxPC-3与HPDE6-C7细胞对中用RT-qPCR验证了5个建模基因的高表达。
整合机器学习与多层转录组分析将JAK2和ANXA5锁定为连接阻塞性睡眠呼吸暂停与氧化应激的关键基因,并在患者脂肪组织、间歇缺氧小鼠和CPAP治疗后样本中得到验证
该研究整合limma差异分析、WGCNA、GeneCards氧化应激基因集、PPI网络与LASSO、随机森林、SVM-RFE三种机器学习方法,从阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)脂肪组织转录组中筛出57个共有差异基因并锁定JAK2与ANXA5两个核心基因,随后用单细胞测序、scTenifoldKnk虚拟敲除、免疫浸润解卷积以及RT-qPCR和Western blot临床样本验证,发现JAK2在OSA中显著上调、ANXA5显著下调,二者主要富集于单核细胞,且CPAP治疗后JAK2下降、ANXA5回升。
Evo 2 在五个二分类任务上展现上下文学习能力,短序列 F1 达 0.902,但千碱基尺度崩溃且 7B 反超 40B
该研究在五个生物与人工序列的二分类任务上刻画了核苷酸级基础基因组语言模型 Evo 2 的上下文学习工作区间,发现短自然序列上表现稳健(miRNA 的 F1=0.902,毒素为 0.785),随序列长度增加而退化并在千碱基尺度崩溃,模型规模扩大无收益(7B 系统性优于 40B),困惑度难以预测准确率,并通过 logit-lens 与 Jacobian Scope 的机制可解释性分析提示存在预测—泛化权衡、模型可能追踪提示结构而非承载信号的序列内容。
鞣花酸通过激活p38并上调Keap1抑制Nrf2/HO-1,使RSL3在胰腺导管腺癌中诱导的铁死亡显著增强
该研究在KRAS突变型与野生型胰腺导管腺癌细胞(PANC-1、BxPC-3)及PANC-1皮下移植瘤模型中证明,天然多酚鞣花酸(EA)与GPX4抑制剂RSL3联用可协同降低细胞活力并抑制肿瘤生长,其机制是EA激活p38 MAPK、上调Keap1,从而抑制Nrf2/HO-1抗氧化轴,放大铁积累、脂质过氧化与GPX4下调等铁死亡标志,且Fer-1可挽救细胞活力而凋亡、坏死性凋亡、自噬抑制剂不能。
用定量MRI与数据驱动模型估计SV2A PET突触密度:3D U-Net在灰质区达到Pearson相关0.8838
该研究合并两个多模态qMRI-PET数据集(n=74,含阿尔茨海默病、主观认知下降与健康对照),以[18F]UCB-H PET经Logan图分析得到的分布容积VT作为突触密度参考,用ComBat做跨数据集协调,比较经典机器学习(SVR、PLS、Elastic Net、随机森林)与深度学习(U-Net、ResUNet++、Pix2Pix类条件GAN)从R1、R2*、MTsat、PD等qMRI图预测PET样突触密度图像的能力,结果显示Elastic Net在经典模型中最佳(R²=0.50,RMSE=0.448,MAE=0.331),深度学习整体更优且3D U-Net最稳定,在灰质区z-score数据上预测
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