生命科学

193 条内容

Experimental hematology & oncology 2026年9月15日
该研究整合六个公共单细胞RNA测序数据集，用inferCNV推断单细胞水平拷贝数变异并识别高CNV（HCNV）恶性亚群，以HCNV活性为生物学锚点构建基于常规H&E染色切片的深度学习多模态AI预后模型，并通过多组学筛选与体内外实验确定RTN3为核心驱动基因，证明RTN3经JAK2/STAT3通路转录上调PKM2、GLUT1、LDHA等糖酵解酶，驱动糖酵解代谢重编程并介导膀胱癌吉西他滨耐药。
该研究整合六个公共单细胞RNA测序数据集，用inferCNV推断单细胞水平拷贝数变异并识别高CNV（HCNV）恶性亚群，以HCNV活性为生物学锚点构建基于常规H&E染色切片的深度学习多模态AI预后模型，并通过多组学筛选与体内外实验确定RTN3为核心驱动基因，证明RTN3经JAK2/STAT3通路转录上调PKM2、GLUT1、LDHA等糖酵解酶，驱动糖酵解代谢重编程并介导膀胱癌吉西他滨耐药。
多模态AI与单细胞转录组整合构建膀胱癌组织病理预后模型，揭示RTN3-糖酵解轴在化疗耐药中的作用
该研究整合六个公共单细胞RNA测序数据集，用inferCNV推断单细胞水平拷贝数变异并识别高CNV（HCNV）恶性亚群，以HCNV活性为生物学锚点构建基于常规H&E染色切片的深度学习多模态AI预后模型，并通过多组学筛选与体内外实验确定RTN3为核心驱动基因，证明RTN3经JAK2/STAT3通路转录上调PKM2、GLUT1、LDHA等糖酵解酶，驱动糖酵解代谢重编程并介导膀胱癌吉西他滨耐药。
该研究整合六个公共单细胞RNA测序数据集，用inferCNV推断单细胞水平拷贝数变异并识别高CNV（HCNV）恶性亚群，以HCNV活性为生物学锚点构建基于常规H&E染色切片的深度学习多模态AI预后模型，并通过多组学筛选与体内外实验确定RTN3为核心驱动基因，证明RTN3经JAK2/STAT3通路转录上调PKM2、GLUT1、LDHA等糖酵解酶，驱动糖酵解代谢重编程并介导膀胱癌吉西他滨耐药。
bioRxiv 2026年9月15日
该研究用重组金黄色葡萄球菌丝氨酸蛋白酶样蛋白B（SplB）或失活突变体反复气管内接种小鼠，发现SplB可致敏小鼠并引起嗜酸性气道炎症与气道高反应性，且该过程依赖SplB的蛋白水解活性和功能性适应性免疫系统，其中可溶性蛋白酶感受器IL-33为嗜酸性粒细胞组织浸润所必需，而膜结合蛋白酶感受器PAR2并非必需，据此作者提出金黄色葡萄球菌可通过释放SplB等过敏原致敏个体并导致哮喘发生的第三种机制。
该研究用重组金黄色葡萄球菌丝氨酸蛋白酶样蛋白B（SplB）或失活突变体反复气管内接种小鼠，发现SplB可致敏小鼠并引起嗜酸性气道炎症与气道高反应性，且该过程依赖SplB的蛋白水解活性和功能性适应性免疫系统，其中可溶性蛋白酶感受器IL-33为嗜酸性粒细胞组织浸润所必需，而膜结合蛋白酶感受器PAR2并非必需，据此作者提出金黄色葡萄球菌可通过释放SplB等过敏原致敏个体并导致哮喘发生的第三种机制。
金黄色葡萄球菌丝氨酸蛋白酶样蛋白B在小鼠哮喘模型中是强效过敏原
该研究用重组金黄色葡萄球菌丝氨酸蛋白酶样蛋白B（SplB）或失活突变体反复气管内接种小鼠，发现SplB可致敏小鼠并引起嗜酸性气道炎症与气道高反应性，且该过程依赖SplB的蛋白水解活性和功能性适应性免疫系统，其中可溶性蛋白酶感受器IL-33为嗜酸性粒细胞组织浸润所必需，而膜结合蛋白酶感受器PAR2并非必需，据此作者提出金黄色葡萄球菌可通过释放SplB等过敏原致敏个体并导致哮喘发生的第三种机制。
该研究用重组金黄色葡萄球菌丝氨酸蛋白酶样蛋白B（SplB）或失活突变体反复气管内接种小鼠，发现SplB可致敏小鼠并引起嗜酸性气道炎症与气道高反应性，且该过程依赖SplB的蛋白水解活性和功能性适应性免疫系统，其中可溶性蛋白酶感受器IL-33为嗜酸性粒细胞组织浸润所必需，而膜结合蛋白酶感受器PAR2并非必需，据此作者提出金黄色葡萄球菌可通过释放SplB等过敏原致敏个体并导致哮喘发生的第三种机制。
bioRxiv 2026年9月15日
本研究以cerastecin Cpd 4为模板，利用Link-INVENT与AutoMolDesigner两种人工智能工具进行分子设计与化学衍生化，发现靶向MsbA的小分子Y-11，其对鲍曼不动杆菌的MIC为0.5 g/mL，对碳青霉烯耐药菌株效力与Cpd4相当，且细胞毒性与溶血性更低、自发耐药频率更低，在小鼠感染模型中可有效降低细菌负荷，机制研究提示Y-11可能通过竞争性结合MsbA底物结合位点并调节ATP酶活性，抑制脂寡糖转运并破坏外膜形成。
本研究以cerastecin Cpd 4为模板，利用Link-INVENT与AutoMolDesigner两种人工智能工具进行分子设计与化学衍生化，发现靶向MsbA的小分子Y-11，其对鲍曼不动杆菌的MIC为0.5 g/mL，对碳青霉烯耐药菌株效力与Cpd4相当，且细胞毒性与溶血性更低、自发耐药频率更低，在小鼠感染模型中可有效降低细菌负荷，机制研究提示Y-11可能通过竞争性结合MsbA底物结合位点并调节ATP酶活性，抑制脂寡糖转运并破坏外膜形成。
深度强化学习驱动的MsbA靶向小分子抗生素发现及其抗鲍曼不动杆菌感染研究
本研究以cerastecin Cpd 4为模板，利用Link-INVENT与AutoMolDesigner两种人工智能工具进行分子设计与化学衍生化，发现靶向MsbA的小分子Y-11，其对鲍曼不动杆菌的MIC为0.5 g/mL，对碳青霉烯耐药菌株效力与Cpd4相当，且细胞毒性与溶血性更低、自发耐药频率更低，在小鼠感染模型中可有效降低细菌负荷，机制研究提示Y-11可能通过竞争性结合MsbA底物结合位点并调节ATP酶活性，抑制脂寡糖转运并破坏外膜形成。
本研究以cerastecin Cpd 4为模板，利用Link-INVENT与AutoMolDesigner两种人工智能工具进行分子设计与化学衍生化，发现靶向MsbA的小分子Y-11，其对鲍曼不动杆菌的MIC为0.5 g/mL，对碳青霉烯耐药菌株效力与Cpd4相当，且细胞毒性与溶血性更低、自发耐药频率更低，在小鼠感染模型中可有效降低细菌负荷，机制研究提示Y-11可能通过竞争性结合MsbA底物结合位点并调节ATP酶活性，抑制脂寡糖转运并破坏外膜形成。
Research Square 2026年9月15日
这项回顾性多中心研究利用自研深度学习分割模型勾画透明带、内细胞团与滋养层并提取17项定量形态学指标，在来自韩国七家中心的14,072张囊胚图像中（排除后10,718枚用于共识评级预测、1,387枚用于胎心预测）发现形态学指标预测的评级在发育阶段与内细胞团上与共识评级的一致性高于单个胚胎学家，且基于定量形态学的随机森林模型在胎心预测上优于基于人工共识评级的模型（AUROC 0.648 对 0.610，DeLong 检验 p = 0.04），替代CART分析显示定量形态学对观察到的胎心率的区分范围更宽（11.8–46.8% 对 16.7–36.2%）。
这项回顾性多中心研究利用自研深度学习分割模型勾画透明带、内细胞团与滋养层并提取17项定量形态学指标，在来自韩国七家中心的14,072张囊胚图像中（排除后10,718枚用于共识评级预测、1,387枚用于胎心预测）发现形态学指标预测的评级在发育阶段与内细胞团上与共识评级的一致性高于单个胚胎学家，且基于定量形态学的随机森林模型在胎心预测上优于基于人工共识评级的模型（AUROC 0.648 对 0.610，DeLong 检验 p = 0.04），替代CART分析显示定量形态学对观察到的胎心率的区分范围更宽（11.8–46.8% 对 16.7–36.2%）。
人工智能衍生的定量囊胚形态学用于客观胚胎评估与胎心分层
这项回顾性多中心研究利用自研深度学习分割模型勾画透明带、内细胞团与滋养层并提取17项定量形态学指标，在来自韩国七家中心的14,072张囊胚图像中（排除后10,718枚用于共识评级预测、1,387枚用于胎心预测）发现形态学指标预测的评级在发育阶段与内细胞团上与共识评级的一致性高于单个胚胎学家，且基于定量形态学的随机森林模型在胎心预测上优于基于人工共识评级的模型（AUROC 0.648 对 0.610，DeLong 检验 p = 0.04），替代CART分析显示定量形态学对观察到的胎心率的区分范围更宽（11.8–46.8% 对 16.7–36.2%）。
这项回顾性多中心研究利用自研深度学习分割模型勾画透明带、内细胞团与滋养层并提取17项定量形态学指标，在来自韩国七家中心的14,072张囊胚图像中（排除后10,718枚用于共识评级预测、1,387枚用于胎心预测）发现形态学指标预测的评级在发育阶段与内细胞团上与共识评级的一致性高于单个胚胎学家，且基于定量形态学的随机森林模型在胎心预测上优于基于人工共识评级的模型（AUROC 0.648 对 0.610，DeLong 检验 p = 0.04），替代CART分析显示定量形态学对观察到的胎心率的区分范围更宽（11.8–46.8% 对 16.7–36.2%）。
bioRxiv 2026年9月15日
该工作先在不依赖任何 HCAb 训练模型的情况下刻画全人源重链抗体（HCAb），发现其与常规人源 VH 结构域相比存在可重复的分布偏移，主要集中在 CDR1/2、CDR3 结构以及（在有支持时）一个受限的框架区，而非广泛的框架重塑；据此研究者构建了 HCAbLM——据其所述为首个专门在大规模全人源 HCAb 库上预训练的基础模型，使用来自 73 只独立免疫 HCAb 小鼠的 3180 万条序列，该模型学到区别于常规抗体语言模型的区域选择性序列兼容性先验，其冻结表征可迁移到实验测得的 SEC 纯度、HIC 行为和热稳定性，并在分组内部验证与回顾性跨项目评估中得到检验。
该工作先在不依赖任何 HCAb 训练模型的情况下刻画全人源重链抗体（HCAb），发现其与常规人源 VH 结构域相比存在可重复的分布偏移，主要集中在 CDR1/2、CDR3 结构以及（在有支持时）一个受限的框架区，而非广泛的框架重塑；据此研究者构建了 HCAbLM——据其所述为首个专门在大规模全人源 HCAb 库上预训练的基础模型，使用来自 73 只独立免疫 HCAb 小鼠的 3180 万条序列，该模型学到区别于常规抗体语言模型的区域选择性序列兼容性先验，其冻结表征可迁移到实验测得的 SEC 纯度、HIC 行为和热稳定性，并在分组内部验证与回顾性跨项目评估中得到检验。
面向全人源重链抗体的专用基础模型：HCAbLM 学习序列与功能语法
该工作先在不依赖任何 HCAb 训练模型的情况下刻画全人源重链抗体（HCAb），发现其与常规人源 VH 结构域相比存在可重复的分布偏移，主要集中在 CDR1/2、CDR3 结构以及（在有支持时）一个受限的框架区，而非广泛的框架重塑；据此研究者构建了 HCAbLM——据其所述为首个专门在大规模全人源 HCAb 库上预训练的基础模型，使用来自 73 只独立免疫 HCAb 小鼠的 3180 万条序列，该模型学到区别于常规抗体语言模型的区域选择性序列兼容性先验，其冻结表征可迁移到实验测得的 SEC 纯度、HIC 行为和热稳定性，并在分组内部验证与回顾性跨项目评估中得到检验。
该工作先在不依赖任何 HCAb 训练模型的情况下刻画全人源重链抗体（HCAb），发现其与常规人源 VH 结构域相比存在可重复的分布偏移，主要集中在 CDR1/2、CDR3 结构以及（在有支持时）一个受限的框架区，而非广泛的框架重塑；据此研究者构建了 HCAbLM——据其所述为首个专门在大规模全人源 HCAb 库上预训练的基础模型，使用来自 73 只独立免疫 HCAb 小鼠的 3180 万条序列，该模型学到区别于常规抗体语言模型的区域选择性序列兼容性先验，其冻结表征可迁移到实验测得的 SEC 纯度、HIC 行为和热稳定性，并在分组内部验证与回顾性跨项目评估中得到检验。
Nature News 2026年9月15日
一项在小鼠中进行的研究显示，感染引起肠道疾病的细菌（Citrobacter rodentium）或寄生虫（Schistosoma mansoni）后，肠道中的CD4+ T细胞会经血流迁移到包裹中枢神经系统的脑膜并驻留，且在一个多月后再次感染时仍能作出反应，提示这些细胞保留了既往感染的记录。
一项在小鼠中进行的研究显示，感染引起肠道疾病的细菌（Citrobacter rodentium）或寄生虫（Schistosoma mansoni）后，肠道中的CD4+ T细胞会经血流迁移到包裹中枢神经系统的脑膜并驻留，且在一个多月后再次感染时仍能作出反应，提示这些细胞保留了既往感染的记录。
肠道感染训练出的T细胞迁移至脑膜并留下免疫记忆
一项在小鼠中进行的研究显示，感染引起肠道疾病的细菌（Citrobacter rodentium）或寄生虫（Schistosoma mansoni）后，肠道中的CD4+ T细胞会经血流迁移到包裹中枢神经系统的脑膜并驻留，且在一个多月后再次感染时仍能作出反应，提示这些细胞保留了既往感染的记录。
一项在小鼠中进行的研究显示，感染引起肠道疾病的细菌（Citrobacter rodentium）或寄生虫（Schistosoma mansoni）后，肠道中的CD4+ T细胞会经血流迁移到包裹中枢神经系统的脑膜并驻留，且在一个多月后再次感染时仍能作出反应，提示这些细胞保留了既往感染的记录。
medRxiv 2026年9月14日
该研究对2015至2025年间4143篇关于生物医学AI合成数据的文献进行了系统映射与文献计量分析，结合专家标注与大语言模型辅助分类，覆盖数据模态、医学领域、论文类型、部署状态与研究立场，发现发文量持续增长、77.8%的论文持强烈支持态度而批判性工作不足1%、医学影像占据语料主体、高被引原创研究集中于分子与制药应用，且仅27篇报告了实际运行使用，从而揭示出方法学增长与部署落地之间的鸿沟。
该研究对2015至2025年间4143篇关于生物医学AI合成数据的文献进行了系统映射与文献计量分析，结合专家标注与大语言模型辅助分类，覆盖数据模态、医学领域、论文类型、部署状态与研究立场，发现发文量持续增长、77.8%的论文持强烈支持态度而批判性工作不足1%、医学影像占据语料主体、高被引原创研究集中于分子与制药应用，且仅27篇报告了实际运行使用，从而揭示出方法学增长与部署落地之间的鸿沟。
AI合成数据在生物医学中的十年增长与持续存在的转化鸿沟
该研究对2015至2025年间4143篇关于生物医学AI合成数据的文献进行了系统映射与文献计量分析，结合专家标注与大语言模型辅助分类，覆盖数据模态、医学领域、论文类型、部署状态与研究立场，发现发文量持续增长、77.8%的论文持强烈支持态度而批判性工作不足1%、医学影像占据语料主体、高被引原创研究集中于分子与制药应用，且仅27篇报告了实际运行使用，从而揭示出方法学增长与部署落地之间的鸿沟。
该研究对2015至2025年间4143篇关于生物医学AI合成数据的文献进行了系统映射与文献计量分析，结合专家标注与大语言模型辅助分类，覆盖数据模态、医学领域、论文类型、部署状态与研究立场，发现发文量持续增长、77.8%的论文持强烈支持态度而批判性工作不足1%、医学影像占据语料主体、高被引原创研究集中于分子与制药应用，且仅27篇报告了实际运行使用，从而揭示出方法学增长与部署落地之间的鸿沟。
Human gene therapy 2026年9月14日
这篇Perspective文章提出InsightRP2框架，将临床数据、人工智能支持的影像分析、实验性疾病建模与腺相关病毒（AAV）设计整合为一个高度互动的转化研究策略，旨在推动针对RP2相关视网膜色素变性的靶向基因治疗开发。
这篇Perspective文章提出InsightRP2框架，将临床数据、人工智能支持的影像分析、实验性疾病建模与腺相关病毒（AAV）设计整合为一个高度互动的转化研究策略，旨在推动针对RP2相关视网膜色素变性的靶向基因治疗开发。
InsightRP2：面向RP2相关视网膜病变治疗的跨学科整合框架
这篇Perspective文章提出InsightRP2框架，将临床数据、人工智能支持的影像分析、实验性疾病建模与腺相关病毒（AAV）设计整合为一个高度互动的转化研究策略，旨在推动针对RP2相关视网膜色素变性的靶向基因治疗开发。
这篇Perspective文章提出InsightRP2框架，将临床数据、人工智能支持的影像分析、实验性疾病建模与腺相关病毒（AAV）设计整合为一个高度互动的转化研究策略，旨在推动针对RP2相关视网膜色素变性的靶向基因治疗开发。
发表出处待核验 2026年9月14日
该工作构建了一个冻结、内容哈希的数据资产与统一评分框架，将七个MaveDB饱和基因组编辑（SGE）评分集映射到GRCh38并方向统一后冻结为不可变矩阵，对十九个变异效应预测器在十六个分层上进行逐基因Spearman ρ的DerSimonian–Laird随机效应荟萃分析，并加入逐层测量可靠性估计、衰减校正、配对相关检验与留一基因验证，覆盖64,178个变异与七个癌症易感基因。
该工作构建了一个冻结、内容哈希的数据资产与统一评分框架，将七个MaveDB饱和基因组编辑（SGE）评分集映射到GRCh38并方向统一后冻结为不可变矩阵，对十九个变异效应预测器在十六个分层上进行逐基因Spearman ρ的DerSimonian–Laird随机效应荟萃分析，并加入逐层测量可靠性估计、衰减校正、配对相关检验与留一基因验证，覆盖64,178个变异与七个癌症易感基因。
functional-standard-atlas：针对饱和基因组编辑测量的变异效应预测器衰减校正、区域分辨基准
该工作构建了一个冻结、内容哈希的数据资产与统一评分框架，将七个MaveDB饱和基因组编辑（SGE）评分集映射到GRCh38并方向统一后冻结为不可变矩阵，对十九个变异效应预测器在十六个分层上进行逐基因Spearman ρ的DerSimonian–Laird随机效应荟萃分析，并加入逐层测量可靠性估计、衰减校正、配对相关检验与留一基因验证，覆盖64,178个变异与七个癌症易感基因。
该工作构建了一个冻结、内容哈希的数据资产与统一评分框架，将七个MaveDB饱和基因组编辑（SGE）评分集映射到GRCh38并方向统一后冻结为不可变矩阵，对十九个变异效应预测器在十六个分层上进行逐基因Spearman ρ的DerSimonian–Laird随机效应荟萃分析，并加入逐层测量可靠性估计、衰减校正、配对相关检验与留一基因验证，覆盖64,178个变异与七个癌症易感基因。
Cineca Institutional Research Information System (Tor Vergata University) 2026年9月14日
该研究构建了一套生物信息学流程，对乳酸菌（嗜热链球菌、保加利亚乳杆菌亚种）与真菌（佛罗里达侧耳）的机械敏感膜蛋白进行对比分析，其中对缺乏可用数据的佛罗里达侧耳通过同源序列多序列比对生成共识序列并用BLAST映射到基因组以划定目标基因区域，再用AlphaFold3人工智能平台按各通道正确的寡聚状态生成蛋白结构，从而为这些非模式系统的机械感受器填补结构知识空白。
该研究构建了一套生物信息学流程，对乳酸菌（嗜热链球菌、保加利亚乳杆菌亚种）与真菌（佛罗里达侧耳）的机械敏感膜蛋白进行对比分析，其中对缺乏可用数据的佛罗里达侧耳通过同源序列多序列比对生成共识序列并用BLAST映射到基因组以划定目标基因区域，再用AlphaFold3人工智能平台按各通道正确的寡聚状态生成蛋白结构，从而为这些非模式系统的机械感受器填补结构知识空白。
压力之下：细菌与真菌感知声学能量的探索
该研究构建了一套生物信息学流程，对乳酸菌（嗜热链球菌、保加利亚乳杆菌亚种）与真菌（佛罗里达侧耳）的机械敏感膜蛋白进行对比分析，其中对缺乏可用数据的佛罗里达侧耳通过同源序列多序列比对生成共识序列并用BLAST映射到基因组以划定目标基因区域，再用AlphaFold3人工智能平台按各通道正确的寡聚状态生成蛋白结构，从而为这些非模式系统的机械感受器填补结构知识空白。
该研究构建了一套生物信息学流程，对乳酸菌（嗜热链球菌、保加利亚乳杆菌亚种）与真菌（佛罗里达侧耳）的机械敏感膜蛋白进行对比分析，其中对缺乏可用数据的佛罗里达侧耳通过同源序列多序列比对生成共识序列并用BLAST映射到基因组以划定目标基因区域，再用AlphaFold3人工智能平台按各通道正确的寡聚状态生成蛋白结构，从而为这些非模式系统的机械感受器填补结构知识空白。

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