生命科学

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bioRxiv 2026年9月16日
该工作提出一种通过整合基因调控网络中的网络因果信号（CWCS-Net）与基于新开发的Truth Discovery算法从PubMed摘要中提取的文献证据（CWCS-TD）来推断基因-疾病对语料库级因果评分（CWCS）的方法，并以OMIM为外部专家参考，在十种疾病上取得因果类别F1分数0.600，优于GPT-4o（0.505）和MMed-Llama 3（0.522）。
该工作提出一种通过整合基因调控网络中的网络因果信号（CWCS-Net）与基于新开发的Truth Discovery算法从PubMed摘要中提取的文献证据（CWCS-TD）来推断基因-疾病对语料库级因果评分（CWCS）的方法，并以OMIM为外部专家参考，在十种疾病上取得因果类别F1分数0.600，优于GPT-4o（0.505）和MMed-Llama 3（0.522）。
语料库级因果关系：聚合基因-疾病因果证据的算法设计与应用
该工作提出一种通过整合基因调控网络中的网络因果信号（CWCS-Net）与基于新开发的Truth Discovery算法从PubMed摘要中提取的文献证据（CWCS-TD）来推断基因-疾病对语料库级因果评分（CWCS）的方法，并以OMIM为外部专家参考，在十种疾病上取得因果类别F1分数0.600，优于GPT-4o（0.505）和MMed-Llama 3（0.522）。
该工作提出一种通过整合基因调控网络中的网络因果信号（CWCS-Net）与基于新开发的Truth Discovery算法从PubMed摘要中提取的文献证据（CWCS-TD）来推断基因-疾病对语料库级因果评分（CWCS）的方法，并以OMIM为外部专家参考，在十种疾病上取得因果类别F1分数0.600，优于GPT-4o（0.505）和MMed-Llama 3（0.522）。
Nature News 2026年9月16日
该研究结合质谱、RNA测序与核糖体图谱分析608份阿尔茨海默病患者与非患者的死后背外侧前额叶皮层样本，鉴定出4,321种微蛋白（其中3,217种未见于UniProtKB/Swiss-Prot标准人类蛋白目录），并用深度学习模型对3,001种微蛋白的质谱鉴定置信度排序，其中1,067种获高置信度评级，同时发现数十种微蛋白在阿尔茨海默病患者中表达改变，构建了迄今规模最大的阿尔茨海默病微蛋白图谱并公开数据。
该研究结合质谱、RNA测序与核糖体图谱分析608份阿尔茨海默病患者与非患者的死后背外侧前额叶皮层样本，鉴定出4,321种微蛋白（其中3,217种未见于UniProtKB/Swiss-Prot标准人类蛋白目录），并用深度学习模型对3,001种微蛋白的质谱鉴定置信度排序，其中1,067种获高置信度评级，同时发现数十种微蛋白在阿尔茨海默病患者中表达改变，构建了迄今规模最大的阿尔茨海默病微蛋白图谱并公开数据。
脑内“微蛋白”图谱为阿尔茨海默病研究提供新线索
该研究结合质谱、RNA测序与核糖体图谱分析608份阿尔茨海默病患者与非患者的死后背外侧前额叶皮层样本，鉴定出4,321种微蛋白（其中3,217种未见于UniProtKB/Swiss-Prot标准人类蛋白目录），并用深度学习模型对3,001种微蛋白的质谱鉴定置信度排序，其中1,067种获高置信度评级，同时发现数十种微蛋白在阿尔茨海默病患者中表达改变，构建了迄今规模最大的阿尔茨海默病微蛋白图谱并公开数据。
该研究结合质谱、RNA测序与核糖体图谱分析608份阿尔茨海默病患者与非患者的死后背外侧前额叶皮层样本，鉴定出4,321种微蛋白（其中3,217种未见于UniProtKB/Swiss-Prot标准人类蛋白目录），并用深度学习模型对3,001种微蛋白的质谱鉴定置信度排序，其中1,067种获高置信度评级，同时发现数十种微蛋白在阿尔茨海默病患者中表达改变，构建了迄今规模最大的阿尔茨海默病微蛋白图谱并公开数据。
Nature News 2026年9月16日
该证据包以一篇Nature新闻特写与两篇bioRxiv预印本，报道了阿斯加德古菌（Promethearchaeota）培养进展：活细胞显微显示Loki与Hodarchaea谱系细胞在分钟尺度上剧烈改变形态、以1.5至5.3微米/分钟伸缩突起并在玻璃表面爬行，且肌动蛋白抑制剂可阻断这些动态；同时首次培养出感染Ca. Lokiarchaeum ossiferum B36新菌株的阿斯加德古菌病毒，其16 kbp整合型原病毒可切出并独立复制形成病毒颗粒，被归入新科Fylgjaviridae，宿主携带Septu、Wadjet与II型CBASS等抗病毒防御系统。
该证据包以一篇Nature新闻特写与两篇bioRxiv预印本，报道了阿斯加德古菌（Promethearchaeota）培养进展：活细胞显微显示Loki与Hodarchaea谱系细胞在分钟尺度上剧烈改变形态、以1.5至5.3微米/分钟伸缩突起并在玻璃表面爬行，且肌动蛋白抑制剂可阻断这些动态；同时首次培养出感染Ca. Lokiarchaeum ossiferum B36新菌株的阿斯加德古菌病毒，其16 kbp整合型原病毒可切出并独立复制形成病毒颗粒，被归入新科Fylgjaviridae，宿主携带Septu、Wadjet与II型CBASS等抗病毒防御系统。
阿斯加德古菌培养与病毒-宿主系统：为真核起源提供活体线索
该证据包以一篇Nature新闻特写与两篇bioRxiv预印本，报道了阿斯加德古菌（Promethearchaeota）培养进展：活细胞显微显示Loki与Hodarchaea谱系细胞在分钟尺度上剧烈改变形态、以1.5至5.3微米/分钟伸缩突起并在玻璃表面爬行，且肌动蛋白抑制剂可阻断这些动态；同时首次培养出感染Ca. Lokiarchaeum ossiferum B36新菌株的阿斯加德古菌病毒，其16 kbp整合型原病毒可切出并独立复制形成病毒颗粒，被归入新科Fylgjaviridae，宿主携带Septu、Wadjet与II型CBASS等抗病毒防御系统。
该证据包以一篇Nature新闻特写与两篇bioRxiv预印本，报道了阿斯加德古菌（Promethearchaeota）培养进展：活细胞显微显示Loki与Hodarchaea谱系细胞在分钟尺度上剧烈改变形态、以1.5至5.3微米/分钟伸缩突起并在玻璃表面爬行，且肌动蛋白抑制剂可阻断这些动态；同时首次培养出感染Ca. Lokiarchaeum ossiferum B36新菌株的阿斯加德古菌病毒，其16 kbp整合型原病毒可切出并独立复制形成病毒颗粒，被归入新科Fylgjaviridae，宿主携带Septu、Wadjet与II型CBASS等抗病毒防御系统。
Nature News 2026年9月16日
该研究通过基因工程使小鼠大脑皮层前体细胞不能存活、从而腾出脑腔空间，再将人脑组织植入新生小鼠，结果显示移植组织在两到三个月内扩张近五倍、填充超过90%的空腔并向小鼠脊髓深部发出投射，同时发育出包括类似von Economo神经元在内的特化神经元，而行为测试未显示小鼠智力增强。
该研究通过基因工程使小鼠大脑皮层前体细胞不能存活、从而腾出脑腔空间，再将人脑组织植入新生小鼠，结果显示移植组织在两到三个月内扩张近五倍、填充超过90%的空腔并向小鼠脊髓深部发出投射，同时发育出包括类似von Economo神经元在内的特化神经元，而行为测试未显示小鼠智力增强。
人脑组织移植入小鼠：迄今最广泛整合的脑区嵌合模型
该研究通过基因工程使小鼠大脑皮层前体细胞不能存活、从而腾出脑腔空间，再将人脑组织植入新生小鼠，结果显示移植组织在两到三个月内扩张近五倍、填充超过90%的空腔并向小鼠脊髓深部发出投射，同时发育出包括类似von Economo神经元在内的特化神经元，而行为测试未显示小鼠智力增强。
该研究通过基因工程使小鼠大脑皮层前体细胞不能存活、从而腾出脑腔空间，再将人脑组织植入新生小鼠，结果显示移植组织在两到三个月内扩张近五倍、填充超过90%的空腔并向小鼠脊髓深部发出投射，同时发育出包括类似von Economo神经元在内的特化神经元，而行为测试未显示小鼠智力增强。
bioRxiv 2026年9月15日
该工作提出，皮层-丘脑回路适合实现多头自注意力与交叉注意力：第2/3层锥体细胞维持循环的键-值记忆，第5层锥体细胞解码由传入查询检索到的记忆，键、值和查询的计算映射到核心与矩阵丘脑-皮层投射并分布于皮层区的微柱与宏柱，一个皮层区构成一个注意力头、皮层构成多头自注意力网络，同一丘脑-皮层微回路还计算引导梯度式突触可塑性的感觉预测误差，而奖赏预测误差经基底神经节门控皮层输出与海马记忆的再激活，训练后的网络与人类言语感知的颅内记录相符。
该工作提出，皮层-丘脑回路适合实现多头自注意力与交叉注意力：第2/3层锥体细胞维持循环的键-值记忆，第5层锥体细胞解码由传入查询检索到的记忆，键、值和查询的计算映射到核心与矩阵丘脑-皮层投射并分布于皮层区的微柱与宏柱，一个皮层区构成一个注意力头、皮层构成多头自注意力网络，同一丘脑-皮层微回路还计算引导梯度式突触可塑性的感觉预测误差，而奖赏预测误差经基底神经节门控皮层输出与海马记忆的再激活，训练后的网络与人类言语感知的颅内记录相符。
皮层-皮层下多头自注意力：认知表现的潜在神经基质
该工作提出，皮层-丘脑回路适合实现多头自注意力与交叉注意力：第2/3层锥体细胞维持循环的键-值记忆，第5层锥体细胞解码由传入查询检索到的记忆，键、值和查询的计算映射到核心与矩阵丘脑-皮层投射并分布于皮层区的微柱与宏柱，一个皮层区构成一个注意力头、皮层构成多头自注意力网络，同一丘脑-皮层微回路还计算引导梯度式突触可塑性的感觉预测误差，而奖赏预测误差经基底神经节门控皮层输出与海马记忆的再激活，训练后的网络与人类言语感知的颅内记录相符。
该工作提出，皮层-丘脑回路适合实现多头自注意力与交叉注意力：第2/3层锥体细胞维持循环的键-值记忆，第5层锥体细胞解码由传入查询检索到的记忆，键、值和查询的计算映射到核心与矩阵丘脑-皮层投射并分布于皮层区的微柱与宏柱，一个皮层区构成一个注意力头、皮层构成多头自注意力网络，同一丘脑-皮层微回路还计算引导梯度式突触可塑性的感觉预测误差，而奖赏预测误差经基底神经节门控皮层输出与海马记忆的再激活，训练后的网络与人类言语感知的颅内记录相符。
Expert Review of Hematology 2026年9月15日
这篇综述指出，异基因造血细胞移植后的免疫重建评估高度异质，阻碍了可靠证据的产生并限制了其作为临床终点的潜力，因此需要跨中心标准化，涵盖样本采集与处理等分析前变量以及分析流程，并可借鉴国际流式细胞术标准化联盟的经验，通过现有工作组开展国际合作来实现。
这篇综述指出，异基因造血细胞移植后的免疫重建评估高度异质，阻碍了可靠证据的产生并限制了其作为临床终点的潜力，因此需要跨中心标准化，涵盖样本采集与处理等分析前变量以及分析流程，并可借鉴国际流式细胞术标准化联盟的经验，通过现有工作组开展国际合作来实现。
异基因造血细胞移植后流式细胞术免疫重建监测标准化的实施障碍
这篇综述指出，异基因造血细胞移植后的免疫重建评估高度异质，阻碍了可靠证据的产生并限制了其作为临床终点的潜力，因此需要跨中心标准化，涵盖样本采集与处理等分析前变量以及分析流程，并可借鉴国际流式细胞术标准化联盟的经验，通过现有工作组开展国际合作来实现。
这篇综述指出，异基因造血细胞移植后的免疫重建评估高度异质，阻碍了可靠证据的产生并限制了其作为临床终点的潜力，因此需要跨中心标准化，涵盖样本采集与处理等分析前变量以及分析流程，并可借鉴国际流式细胞术标准化联盟的经验，通过现有工作组开展国际合作来实现。
Cancer 2026年9月15日
这篇综述系统梳理了卵巢癌免疫治疗的临床证据与耐药机制，指出免疫检查点抑制剂单药在复发性卵巢癌中客观缓解率普遍低于15%，其明确获益目前最清晰地出现在PD-L1阳性铂耐药疾病与化疗的联合方案中（如ENGOT-ov65/KEYNOTE-B96中CPS≥1人群中位总生存18.2个月对14.0个月，HR 0.76），而在以PARP抑制剂和/或贝伐珠单抗为基础的一线或铂敏感复发维持治疗中贡献有限，并进一步综述了双免疫检查点阻断、抗体偶联药物、过继细胞治疗、疫苗、溶瘤病毒以及生物标志物与人工智能整合等新兴方向。
这篇综述系统梳理了卵巢癌免疫治疗的临床证据与耐药机制，指出免疫检查点抑制剂单药在复发性卵巢癌中客观缓解率普遍低于15%，其明确获益目前最清晰地出现在PD-L1阳性铂耐药疾病与化疗的联合方案中（如ENGOT-ov65/KEYNOTE-B96中CPS≥1人群中位总生存18.2个月对14.0个月，HR 0.76），而在以PARP抑制剂和/或贝伐珠单抗为基础的一线或铂敏感复发维持治疗中贡献有限，并进一步综述了双免疫检查点阻断、抗体偶联药物、过继细胞治疗、疫苗、溶瘤病毒以及生物标志物与人工智能整合等新兴方向。
卵巢癌免疫治疗的演进角色：从经验性用药走向生物学驱动的联合与精准策略
这篇综述系统梳理了卵巢癌免疫治疗的临床证据与耐药机制，指出免疫检查点抑制剂单药在复发性卵巢癌中客观缓解率普遍低于15%，其明确获益目前最清晰地出现在PD-L1阳性铂耐药疾病与化疗的联合方案中（如ENGOT-ov65/KEYNOTE-B96中CPS≥1人群中位总生存18.2个月对14.0个月，HR 0.76），而在以PARP抑制剂和/或贝伐珠单抗为基础的一线或铂敏感复发维持治疗中贡献有限，并进一步综述了双免疫检查点阻断、抗体偶联药物、过继细胞治疗、疫苗、溶瘤病毒以及生物标志物与人工智能整合等新兴方向。
这篇综述系统梳理了卵巢癌免疫治疗的临床证据与耐药机制，指出免疫检查点抑制剂单药在复发性卵巢癌中客观缓解率普遍低于15%，其明确获益目前最清晰地出现在PD-L1阳性铂耐药疾病与化疗的联合方案中（如ENGOT-ov65/KEYNOTE-B96中CPS≥1人群中位总生存18.2个月对14.0个月，HR 0.76），而在以PARP抑制剂和/或贝伐珠单抗为基础的一线或铂敏感复发维持治疗中贡献有限，并进一步综述了双免疫检查点阻断、抗体偶联药物、过继细胞治疗、疫苗、溶瘤病毒以及生物标志物与人工智能整合等新兴方向。
Clinical Cancer Research 2026年9月15日
该研究在203例接受新辅助治疗并根治性切除、且仅达轻微病理缓解的胰腺导管腺癌患者中，用人工智能流程从常规H&E全切片图像分割癌与间质并量化空间组成与构型，发现碎片化、界面丰富的肿瘤-间质生态与更短的无病生存期独立相关，两个空间风险模型（癌平均形状指数加间质形状指数变异性，校正HR 1.71，P=0.003；平均间质斑块面积加边缘密度，校正HR 2.19，P=0.002）在病理缓解分级和残余癌面积无法分层的情况下仍能分层预后，且高风险构型伴随瘤内TIL密度与浸润比降低、TIL相对聚集于癌周与间质，符合免疫排斥表型。
该研究在203例接受新辅助治疗并根治性切除、且仅达轻微病理缓解的胰腺导管腺癌患者中，用人工智能流程从常规H&E全切片图像分割癌与间质并量化空间组成与构型，发现碎片化、界面丰富的肿瘤-间质生态与更短的无病生存期独立相关，两个空间风险模型（癌平均形状指数加间质形状指数变异性，校正HR 1.71，P=0.003；平均间质斑块面积加边缘密度，校正HR 2.19，P=0.002）在病理缓解分级和残余癌面积无法分层的情况下仍能分层预后，且高风险构型伴随瘤内TIL密度与浸润比降低、TIL相对聚集于癌周与间质，符合免疫排斥表型。
胰腺癌残余肿瘤-间质空间构型与术后复发风险相关
该研究在203例接受新辅助治疗并根治性切除、且仅达轻微病理缓解的胰腺导管腺癌患者中，用人工智能流程从常规H&E全切片图像分割癌与间质并量化空间组成与构型，发现碎片化、界面丰富的肿瘤-间质生态与更短的无病生存期独立相关，两个空间风险模型（癌平均形状指数加间质形状指数变异性，校正HR 1.71，P=0.003；平均间质斑块面积加边缘密度，校正HR 2.19，P=0.002）在病理缓解分级和残余癌面积无法分层的情况下仍能分层预后，且高风险构型伴随瘤内TIL密度与浸润比降低、TIL相对聚集于癌周与间质，符合免疫排斥表型。
该研究在203例接受新辅助治疗并根治性切除、且仅达轻微病理缓解的胰腺导管腺癌患者中，用人工智能流程从常规H&E全切片图像分割癌与间质并量化空间组成与构型，发现碎片化、界面丰富的肿瘤-间质生态与更短的无病生存期独立相关，两个空间风险模型（癌平均形状指数加间质形状指数变异性，校正HR 1.71，P=0.003；平均间质斑块面积加边缘密度，校正HR 2.19，P=0.002）在病理缓解分级和残余癌面积无法分层的情况下仍能分层预后，且高风险构型伴随瘤内TIL密度与浸润比降低、TIL相对聚集于癌周与间质，符合免疫排斥表型。
Chinese medical journal 2026年9月15日
这篇综述系统评估了用于早期肝纤维化（F1–F2）检测的现有与新兴无创检测手段，涵盖血清标志物、分子影像探针、人工智能影像分析、尿液/呼气/唾液等替代生物流体、肠道菌群及多组学整合模型，指出这些方法虽在诊断性能上展现潜力，但普遍受限于验证不足、标准化缺失与临床路径整合困难，并提出分层诊断框架作为近期落地路径。
这篇综述系统评估了用于早期肝纤维化（F1–F2）检测的现有与新兴无创检测手段，涵盖血清标志物、分子影像探针、人工智能影像分析、尿液/呼气/唾液等替代生物流体、肠道菌群及多组学整合模型，指出这些方法虽在诊断性能上展现潜力，但普遍受限于验证不足、标准化缺失与临床路径整合困难，并提出分层诊断框架作为近期落地路径。
早期肝纤维化的无创检测：进展与挑战
这篇综述系统评估了用于早期肝纤维化（F1–F2）检测的现有与新兴无创检测手段，涵盖血清标志物、分子影像探针、人工智能影像分析、尿液/呼气/唾液等替代生物流体、肠道菌群及多组学整合模型，指出这些方法虽在诊断性能上展现潜力，但普遍受限于验证不足、标准化缺失与临床路径整合困难，并提出分层诊断框架作为近期落地路径。
这篇综述系统评估了用于早期肝纤维化（F1–F2）检测的现有与新兴无创检测手段，涵盖血清标志物、分子影像探针、人工智能影像分析、尿液/呼气/唾液等替代生物流体、肠道菌群及多组学整合模型，指出这些方法虽在诊断性能上展现潜力，但普遍受限于验证不足、标准化缺失与临床路径整合困难，并提出分层诊断框架作为近期落地路径。
Experimental hematology & oncology 2026年9月15日
该研究整合六个公共单细胞RNA测序数据集，用inferCNV推断单细胞水平拷贝数变异并识别高CNV（HCNV）恶性亚群，以HCNV活性为生物学锚点构建基于常规H&E染色切片的深度学习多模态AI预后模型，并通过多组学筛选与体内外实验确定RTN3为核心驱动基因，证明RTN3经JAK2/STAT3通路转录上调PKM2、GLUT1、LDHA等糖酵解酶，驱动糖酵解代谢重编程并介导膀胱癌吉西他滨耐药。
该研究整合六个公共单细胞RNA测序数据集，用inferCNV推断单细胞水平拷贝数变异并识别高CNV（HCNV）恶性亚群，以HCNV活性为生物学锚点构建基于常规H&E染色切片的深度学习多模态AI预后模型，并通过多组学筛选与体内外实验确定RTN3为核心驱动基因，证明RTN3经JAK2/STAT3通路转录上调PKM2、GLUT1、LDHA等糖酵解酶，驱动糖酵解代谢重编程并介导膀胱癌吉西他滨耐药。
多模态AI与单细胞转录组整合构建膀胱癌组织病理预后模型，揭示RTN3-糖酵解轴在化疗耐药中的作用
该研究整合六个公共单细胞RNA测序数据集，用inferCNV推断单细胞水平拷贝数变异并识别高CNV（HCNV）恶性亚群，以HCNV活性为生物学锚点构建基于常规H&E染色切片的深度学习多模态AI预后模型，并通过多组学筛选与体内外实验确定RTN3为核心驱动基因，证明RTN3经JAK2/STAT3通路转录上调PKM2、GLUT1、LDHA等糖酵解酶，驱动糖酵解代谢重编程并介导膀胱癌吉西他滨耐药。
该研究整合六个公共单细胞RNA测序数据集，用inferCNV推断单细胞水平拷贝数变异并识别高CNV（HCNV）恶性亚群，以HCNV活性为生物学锚点构建基于常规H&E染色切片的深度学习多模态AI预后模型，并通过多组学筛选与体内外实验确定RTN3为核心驱动基因，证明RTN3经JAK2/STAT3通路转录上调PKM2、GLUT1、LDHA等糖酵解酶，驱动糖酵解代谢重编程并介导膀胱癌吉西他滨耐药。

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