单细胞扰动预测不再只靠预训练:GFM把知识图谱接进流匹配,训练最多快30倍
在多个大规模Perturb-seq数据集上,一种名为Graph-guided Flow Matching(GFM)的生成框架把基因本体、蛋白互作和扰动相似性三类知识图谱与潜空间流匹配结合,用于预测未见过扰动后的单细胞转录组。它在单基因扰动预测上超过了线性基线和CellFlow、GEARS、scGPT等深度学习模型,训练速度最多快30倍,并在训练数据减少时保持优势;在双基因扰动中,当两个基因都未在训练中出现时表现更好。
在多个大规模Perturb-seq数据集上,一种名为Graph-guided Flow Matching(GFM)的生成框架把基因本体、蛋白互作和扰动相似性三类知识图谱与潜空间流匹配结合,用于预测未见过扰动后的单细胞转录组。它在单基因扰动预测上超过了线性基线和CellFlow、GEARS、scGPT等深度学习模型,训练速度最多快30倍,并在训练数据减少时保持优势;在双基因扰动中,当两个基因都未在训练中出现时表现更好。
一个由41位国际多学科专家组成的工作组系统检索了截至2025年3月17日的922篇文献,将2016年仅针对特发性肺纤维化(IPF)的急性加重(AE)定义修订为适用于全部纤维化间质性肺病(fILD)的AE-fILD定义(以弥漫性肺泡损伤为核心,伴或不伴机化性肺炎),并提出“急性呼吸恶化(ARW)”这一更广的概念框架以涵盖非DAD所致的急性呼吸恶化,同时汇总了流行病学、危险因素、预后与治疗证据,并讨论了AE作为临床试验终点的可行性。
该研究在9个近期大模型和6个数据集上固定其他配置、只改变系统提示中隐藏注入的当前日期(2024年全年逐日扫描),发现仅日期变化即可让多选问答准确率波动最高6%、数学推理最高14%、代码生成最高7%、机器翻译最高2.84 BLEU,模型排名随之改变,且该效应大于批大小与数值精度等已知非确定性来源,思维链提示不但不能缓解反而放大敏感性。
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