单细胞参考图谱换个锚点:标签方向先定死,查询细胞注释宏F1从0.774升到0.811
单细胞参考映射不再让类别代表随训练漂移。此前SCLSC用平均表达谱构造类型代表,代表位置在优化中不断变化;SOLAR在训练前给每个参考标签指定一个固定的正交方向,让编码器只学细胞落在该空间的哪里。在人类免疫、肺和胰腺三个数据集的九个留出批次上,30维输出的查询宏F1均值为0.811,高于匹配PCA的0.774,低于scANVI的0.838。
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单细胞参考映射不再让类别代表随训练漂移。此前SCLSC用平均表达谱构造类型代表,代表位置在优化中不断变化;SOLAR在训练前给每个参考标签指定一个固定的正交方向,让编码器只学细胞落在该空间的哪里。在人类免疫、肺和胰腺三个数据集的九个留出批次上,30维输出的查询宏F1均值为0.811,高于匹配PCA的0.774,低于scANVI的0.838。
一个由41位国际多学科专家组成的工作组系统检索了截至2025年3月17日的922篇文献,将2016年仅针对特发性肺纤维化(IPF)的急性加重(AE)定义修订为适用于全部纤维化间质性肺病(fILD)的AE-fILD定义(以弥漫性肺泡损伤为核心,伴或不伴机化性肺炎),并提出“急性呼吸恶化(ARW)”这一更广的概念框架以涵盖非DAD所致的急性呼吸恶化,同时汇总了流行病学、危险因素、预后与治疗证据,并讨论了AE作为临床试验终点的可行性。
该研究提出OmniTCR——一个1.13亿参数的自回归基础模型,在3.28亿条格式化人类免疫序列记录上预训练,通过序列类型标记与互补的组分顺序,将单个TCR链与部分或完整的TCR-pMHC关联数据联合学习,从而在同一模型中同时完成TCR识别预测与条件序列生成,在未见表位上取得肽-TCRβ识别AUPRC 0.7009、TCR-pMHC相互作用预测AUPRC 0.8235,并在11个独立泛癌队列中以平均AUROC 0.9436区分癌症与健康免疫组库。
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