同一靶点的向导RNA不再简单合并:按多数一致加权,把脱靶偏差压到接近零
Perturb-seq 常把针对同一靶点的多条向导RNA当作重复样本合并,但向导的脱靶效应会让靶点层面的估计带上偏差。PETRO 假定每个结果中多数向导是有效的,用稳健加权把与多数不一致的向导降权,从而在不删除向导、不使用序列注释的情况下估计靶点扰动效应。在 RPE-1 CRISPRa 数据中,最长种子匹配为13–18 bp的靶点—结果对上,合并的平均偏差为0.087,PETRO 的残余偏差为0.005;模拟中合并的偏差随细胞数增加仍停留在约0.075,PETRO 则降到接近零。