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Chiba University

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  1. Nature Communications

    纳米孔直接读tRNA不再先转成碱基序列:tyCooNN按电流信号分类,大肠杆菌48种tRNA准确率98.2%

    纳米孔直接RNA测序读tRNA时,修饰会干扰碱基识别,使序列比对在准确率与可用读段数之间难以兼顾。tyCooNN(nano tRNA classifier)改为直接以离子电流信号分类tRNA,绕开碱基识别与序列比对;对大肠杆菌全部48种tRNA,ntc48模型分类准确率为98.2%。研究还用44种tRNA的等摩尔混合物标定并校正读段计数偏差,据此给出各tRNA的绝对丰度,并以二分类器在单分子水平判别特定修饰。

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