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University of Regensburg

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  1. bioRxiv

    空间转录组不必先划区:慢性应激模型里差异基因多检出45.8%,注意力图同时标出位置

    多受试者空间转录组比较通常要先把组织划成解剖区域或聚类,再在固定区域内做差异表达检验,定位与检验因此分开。SpaceDX 改为在检验的同时为每个基因学习一组空间注意力权重,把各点的表达加权成伪批量,再放进分层贝叶斯逻辑回归做受试者层面的关联检验。在19只应激与19只对照小鼠的慢性社会挫败应激数据上,5%经验FDR下检出175个差异基因,比区域DESeq2的120个多45.8%;在阿尔茨海默病模型上两者单独检出数相近,合并后比单用DESeq2多19.1%。

  2. arXiv

    用冻结嵌入空间中的紧凑域足迹做生成式回放,无需保存切片或图块样本即可持续生成病理报告,并在多个公开持续学习基准上超过无样本与有限缓冲回放基线

    该工作提出一种无样本持续学习框架,用于全切片图像到病理报告的生成:在冻结的图块嵌入空间中为每个域构建紧凑“域足迹”(k-means 码本、切片级码字直方图库、图块数量统计与报告风格原型),据此合成伪全切片并由上一轮教师快照生成伪报告进行生成式回放,同时用风格前缀条件化语言模型;在多个公开持续学习基准上,该方法优于无样本与有限缓冲回放基线,并支持无需显式域标识的域无关推理。

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