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Niklas Stotzem

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  1. bioRxiv

    空间转录组不必先划区:慢性应激模型里差异基因多检出45.8%,注意力图同时标出位置

    多受试者空间转录组比较通常要先把组织划成解剖区域或聚类,再在固定区域内做差异表达检验,定位与检验因此分开。SpaceDX 改为在检验的同时为每个基因学习一组空间注意力权重,把各点的表达加权成伪批量,再放进分层贝叶斯逻辑回归做受试者层面的关联检验。在19只应激与19只对照小鼠的慢性社会挫败应激数据上,5%经验FDR下检出175个差异基因,比区域DESeq2的120个多45.8%;在阿尔茨海默病模型上两者单独检出数相近,合并后比单用DESeq2多19.1%。

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