甲基化测序也能读出片段组：血浆cfDNA直接划出共甲基化区块，癌症检测多一层可解释信号

甲基化测序文库可以当作片段组信息的来源，而不只是甲基化读数的载体。 此前片段组特征通常从全基因组测序取得，甲基化流程中的化学与酶处理是否保留这些信号缺乏系统评估。 在健康与胃癌血浆队列中，全基因组亚硫酸氢盐测序和酶法甲基测序都重现了全基因组测序看到的片段长度分布与转录起始位点附近的核小体相关片段模式，但部分全基因组特征的跨平台一致性随队列变化。

血浆cfDNA自身可以划出共甲基化区块，作为组织多模态信号的统一区间。 以往基于区块的检测多先用组织甲基化组定义区块，再搬到血浆中量化。 从七种癌症与健康对照的血浆酶法甲基测序数据中识别出151,473个区块，中位长度30–50 bp，短于组织来源区块；独立验证队列重新识别时，86.0%的原始区块可被匹配。

甲基化与片段组信号在同一批区块内既协同又互补，据此构建的集成模型在多个癌种任务上取得有竞争力的判别表现。 单模态模型各自只用到甲基化或片段组的一类信息。 在乳腺癌独立验证队列中，加入全基因组特征的扩展模型取得最高AUC；在肝细胞癌外部队列中该扩展模型位居前列，但SPOT-MAS在该小队列中AUC最高。

报告的范围是血浆cfDNA全基因组甲基化测序中片段组信号的保留程度，以及血浆来源共甲基化区块作为多模态组织单元的可解释性；模型评估覆盖七种癌症与健康对照的交叉验证、独立验证和两个外部队列。若要把这一框架用于筛查或监测，需要更大规模的前瞻性研究，纳入更多早期癌症、更广的良性疾病对照和纵向样本。

跨平台比较使用的是生物学上可比但非同一份血浆的队列，因此测序流程效应与队列间生物学差异无法完全分开。与SPOT-MAS、THEMIS、DELFI的对照按已发表描述尽量实现，但预处理与实现细节差异使性能比较需在此背景下解读。红、蓝区块被明确定位为操作标签，而非通用的染色质状态注释。