细胞信号历史不必逐类重建:同一通路留下固定基因指纹,模型跨细胞类型读出
同一信号通路在不同细胞类型中留下一致的基因活动“指纹”,因此不必再对每种细胞类型单独重建信号历史。IRIS 是一个神经网络模型,它读取细胞整体基因活动,估计发育各阶段哪些信号通路被开启。在处于原肠胚期的小鼠胚胎单细胞上,它预测了心脏、肠、肌肉和脊髓谱系中信号通路何时何地激活;对肺发育相关细胞类型,模型预测的激活通路随后在小鼠胚胎实验中得到验证。
同一信号通路在不同细胞类型中留下一致的基因活动“指纹”,因此不必再对每种细胞类型单独重建信号历史。IRIS 是一个神经网络模型,它读取细胞整体基因活动,估计发育各阶段哪些信号通路被开启。在处于原肠胚期的小鼠胚胎单细胞上,它预测了心脏、肠、肌肉和脊髓谱系中信号通路何时何地激活;对肺发育相关细胞类型,模型预测的激活通路随后在小鼠胚胎实验中得到验证。
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