细胞信号历史不必逐类重建:同一通路留下固定基因指纹,模型跨细胞类型读出
同一信号通路在不同细胞类型中留下一致的基因活动“指纹”,因此不必再对每种细胞类型单独重建信号历史。IRIS 是一个神经网络模型,它读取细胞整体基因活动,估计发育各阶段哪些信号通路被开启。在处于原肠胚期的小鼠胚胎单细胞上,它预测了心脏、肠、肌肉和脊髓谱系中信号通路何时何地激活;对肺发育相关细胞类型,模型预测的激活通路随后在小鼠胚胎实验中得到验证。
同一信号通路在不同细胞类型中留下一致的基因活动“指纹”,因此不必再对每种细胞类型单独重建信号历史。IRIS 是一个神经网络模型,它读取细胞整体基因活动,估计发育各阶段哪些信号通路被开启。在处于原肠胚期的小鼠胚胎单细胞上,它预测了心脏、肠、肌肉和脊髓谱系中信号通路何时何地激活;对肺发育相关细胞类型,模型预测的激活通路随后在小鼠胚胎实验中得到验证。
作者从零预训练了 3B 参数的像素空间文生图 Transformer Iris-3B(256→512→1024 课程,采用 v-prediction 与 DINOv2 REPA),并把潜空间模型 FLUX.2 Klein base 4B 转换为像素空间;将两类像素骨干微调用于单目深度估计与图像复原后,未发现像素空间生成先验带来显著提升:深度上 Iris-3B 与潜空间 FLUX.2 Klein 持平、转换模型落后,DIV2K 复原上两个像素模型也未超过潜空间微调。
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