# 束搜索序列优化

PDZ结合基序（PBM）是蛋白末端十几个残基的短序列，能决定蛋白与哪些PDZ结构域结合。此前按亲和力设计PBM通常要为每个结构域单独建模，难以同时兼顾脱靶。该工作把PDZ与PBM编码进同一128维单位球面，用余弦相似度预测pKd，并把单靶、靶–脱靶差、双靶均值三种目标写成球面上的方向；在DLG4-PDZ3的4位重设计中，前100个候选中84个落入已发表突变库实测适应度前1%，对照方法为64个。

PDZ结合基序（PBM）是蛋白末端十几个残基的短序列，能决定蛋白与哪些PDZ结构域结合。此前按亲和力设计PBM通常要为每个结构域单独建模，难以同时兼顾脱靶。该工作把PDZ与PBM编码进同一128维单位球面，用余弦相似度预测pKd，并把单靶、靶–脱靶差、双靶均值三种目标写成球面上的方向；在DLG4-PDZ3的4位重设计中，前100个候选中84个落入已发表突变库实测适应度前1%，对照方法为64个。