Nagoya University

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bioRxiv 2026年11月13日
PDZ结合肽设计换到共享潜空间：同一模型不重训，也能按脱靶与双靶目标搜索
PDZ结合基序（PBM）是蛋白末端十几个残基的短序列，能决定蛋白与哪些PDZ结构域结合。此前按亲和力设计PBM通常要为每个结构域单独建模，难以同时兼顾脱靶。该工作把PDZ与PBM编码进同一128维单位球面，用余弦相似度预测pKd，并把单靶、靶–脱靶差、双靶均值三种目标写成球面上的方向；在DLG4-PDZ3的4位重设计中，前100个候选中84个落入已发表突变库实测适应度前1%，对照方法为64个。
PDZ结合基序（PBM）是蛋白末端十几个残基的短序列，能决定蛋白与哪些PDZ结构域结合。此前按亲和力设计PBM通常要为每个结构域单独建模，难以同时兼顾脱靶。该工作把PDZ与PBM编码进同一128维单位球面，用余弦相似度预测pKd，并把单靶、靶–脱靶差、双靶均值三种目标写成球面上的方向；在DLG4-PDZ3的4位重设计中，前100个候选中84个落入已发表突变库实测适应度前1%，对照方法为64个。
Nagoya University Institute of Science Tokyo
Iori Yamahata（第一作者）Shuto Hayashi（通讯作者）
共享潜空间亲和力预测 PDZ结合基序设计束搜索序列优化
arXiv 2026年11月2日
个人记忆更新要分两步看：MemShift 把“没察觉”和“修错了”拆开计分
AI 助手保存的“重要联系人”这类值由语言模型从个人记录中推导，输入一变就可能失效。MemShift 用只在某一种变化上分叉的合成世界，把“是否察觉变化”和“修复是否正确”分开计分，并以文本生成前就固定的金标准替代模型裁判。在四个开放权重模型上，检测只有在修复可靠时才带来提升：重定义后，键与精确重算的交互为 +38.8 个百分点。
AI 助手保存的“重要联系人”这类值由语言模型从个人记录中推导，输入一变就可能失效。MemShift 用只在某一种变化上分叉的合成世界，把“是否察觉变化”和“修复是否正确”分开计分，并以文本生成前就固定的金标准替代模型裁判。在四个开放权重模型上，检测只有在修复可靠时才带来提升：重定义后，键与精确重算的交互为 +38.8 个百分点。
The University of Osaka Nagoya University
Zichuan Xu（第一作者）
MemShift基准智能体记忆派生记忆的检测与修复 HoldMem参考记忆
Nature Machine Intelligence 2026年10月29日
对撞数据不再一任务一模型：5亿模拟事件预训练，异常检测显著性达7.6σ
高能物理分析长期为每个任务单独训练模型，EVENET把每次对撞表示成无序粒子云，用5亿个模拟事件做自监督加物理监督的两阶段预训练，再以可替换的任务头适配下游。在CMS开放数据的反孤立ϒ→μ+μ−搜寻中，完整预训练版本经校准后给出7.6σ的中位局部显著性，高于已发表的6.4σ；在重共振搜寻的质量网格上，其最大SIC相对从头训练平均提高约50%。
高能物理分析长期为每个任务单独训练模型，EVENET把每次对撞表示成无序粒子云，用5亿个模拟事件做自监督加物理监督的两阶段预训练，再以可替换的任务头适配下游。在CMS开放数据的反孤立ϒ→μ+μ−搜寻中，完整预训练版本经校准后给出7.6σ的中位局部显著性，高于已发表的6.4σ；在重共振搜寻的质量网格上，其最大SIC相对从头训练平均提高约50%。
University of Washington Stanford University National Tsing Hua University Nagoya University
Ting-Hsiang Hsu（第一作者）V. M. Mikuni（通讯作者）
EVENET事件级基础模型基础模型粒子云表示异常检测

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PDZ结合肽设计换到共享潜空间：同一模型不重训，也能按脱靶与双靶目标搜索

个人记忆更新要分两步看：MemShift 把“没察觉”和“修错了”拆开计分

对撞数据不再一任务一模型：5亿模拟事件预训练，异常检测显著性达7.6σ