# AlphaFold2

冷冻电镜与冷冻电镜断层扫描常得到分子身份未知的密度图，此前在中等分辨率下缺少侧链特征，难以从成千上万个候选结构中挑出正确者。CryoAssign把CoLoRes刚体对接与学习排序结合，直接搜索未分割的完整密度图，并用多个反映图与模型吻合程度的特征对候选重新排序。在14张留出基准图上，它的排序优于原始CoLoRes互相关分数和任何单一特征；在径向辐条复合物中，18个已知蛋白有11个进入前15名，而原始分数只排进6个。

冷冻电镜与冷冻电镜断层扫描常得到分子身份未知的密度图，此前在中等分辨率下缺少侧链特征，难以从成千上万个候选结构中挑出正确者。CryoAssign把CoLoRes刚体对接与学习排序结合，直接搜索未分割的完整密度图，并用多个反映图与模型吻合程度的特征对候选重新排序。在14张留出基准图上，它的排序优于原始CoLoRes互相关分数和任何单一特征；在径向辐条复合物中，18个已知蛋白有11个进入前15名，而原始分数只排进6个。

该研究评估了当前基于机器学习的纳米抗体结构预测方法，并以HADDOCK对多种纳米抗体输入集合与信息条件下的纳米抗体-抗原相互作用建模流程进行基准测试，提出一套以AlphaFold2和ImmuneBuilder预测的纳米抗体结构模型为起点的集合对接流程，在可获得部分表位信息时，该流程在所有生成模型上均取得高于AlphaFold基线的成功率。

该研究评估了当前基于机器学习的纳米抗体结构预测方法，并以HADDOCK对多种纳米抗体输入集合与信息条件下的纳米抗体-抗原相互作用建模流程进行基准测试，提出一套以AlphaFold2和ImmuneBuilder预测的纳米抗体结构模型为起点的集合对接流程，在可获得部分表位信息时，该流程在所有生成模型上均取得高于AlphaFold基线的成功率。