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# 掩码语言建模

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  1. bioRxiv

    蛋白与DNA放进同一个语言模型:不用训练就能排出MutH底物偏好,82个候选里6个提升编辑

    PDLM把蛋白序列和DNA序列拼成一条输入,用共享的Transformer做掩码语言建模,让DNA的得分依赖与之配对的蛋白。在2,558对留出测试集上,PDLM-150M-domain的蛋白–DNA配对分类AUROC为0.940、AUPRC为0.903,而最强的独立双编码器基线ESM2-150M加DNABERT-2为0.823和0.683。零样本条件打分复现了MutH E91A/F94A变体向GATA、GATG、GATT扩展的已知方向,据此筛出的82个变体中有6个在GACA位点的编辑显著高于亲本。

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