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Langtian Ma

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  1. bioRxiv

    单细胞基准测试有了可调强度的模拟器:scDeepSim 让批次效应和轨迹几何按需变化

    单细胞方法基准测试长期受制于真实数据标注昂贵、且只能反映一种观测条件。scDeepSim 把细胞表达编码到按细胞类型、批次和残差分开的潜子空间,再用潜扩散模型学习这些表示的分布,生成时只改动目标子空间,从而按用户设定的强度施加批次效应或构造分支轨迹。在 scIB 人类胰腺数据上,结构化模型在干预强度 α=1 时细胞类型平均轮廓宽度为 0.519,普通变分自编码器为 0.432。

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