不用在目标细胞里测药:GRAFT借基因扰动响应预测药物转录反应,五株LINCS细胞平均Top20相关0.734
在目标细胞系没有药物测量数据时,GRAFT把该细胞系的基因扰动响应与源细胞的药物响应联系起来,预测药物引起的转录变化。在五株LINCS癌细胞系留一交叉验证中,GRAFT-D0的Top20 Pearson相关均值为0.734,高于源均值0.493和最强对照PRnet的0.689;在五个外部细胞环境中,等权平均Top20相关为0.606,源均值为0.416。方法依赖目标基因响应相对源参考的差异构成的条件状态,当目标基因测量很少时预测仍可改善,但增益随数据质量与来源覆盖变化。