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Nannan Wu

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  1. bioRxiv

    噬菌体DNA模型改走双向去噪:可见错误碱基里,CPDD一次前向修正42.4%

    自回归DNA语言模型只能从左往右生成,而基因组修复与编辑往往同时依赖两侧序列。CreatiPhage团队把144.5M参数的噬菌体自回归模型改造成147.5M参数的双向离散扩散模型CPDD,在522个经筛选的噬菌体编码序列上,随机掩码恢复准确率高于同类扩散模型PhaGen,混合损坏测试中一次前向把42.4%的可见错误碱基改回正确碱基。

  2. bioRxiv

    EvSpark:面向混合DNA基础模型的无损推测解码

    EvSpark 为 Evo2 这类卷积-循环-注意力混合 DNA 基础模型设计了一套推测解码系统,通过一次块前向并行验证草稿并用“状态切片”选择保留的中间状态来同时恢复 FIR、IIR 与 KV 三类推理状态而无需重放,在 Evo2 7B 的 48 条提示基准上(三个训练种子)对 43 条真实序列提示取得 2.96× 加速、含五条合成对照时为 3.27×,在 262k 上下文仍保持 1.84×–2.43×,并在 20B/40B 目标上分别取得 2.18×–2.46×(真实序列)与 2.51×–2.78×(全量套件)。

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