AI发现RNA聚合酶II暂停的序列规则，修正基因激活的暂停释放模型
该研究用LLM引导的可解释决策树DEFT从HCT116细胞的eNET-seq数据中发现暂停位点由暂停位的G、+1位C/T与上游49个碱基的最小G含量共同决定（留出集AUROC 0.92、准确率0.87），并据此在NDRG1和HSP90AA1的5'端插入377 bp无G序列，以方向依赖方式消除启动子近端暂停（PPP），而低氧与热激激活未受损（NDRG1反而超激活）；同时ChIP的5' RNAPII、Ser5P与NELF峰在无NET-seq暂停时仍然存在，CTD缺失则削弱PPP并把暂停峰由约+80位移至约+40，据此提出PPP由G依赖的停滞启动、并由包括CTD系连在内的多因素稳定。