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Kangjie Zheng

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  1. arXiv

    单细胞基因调控模型Muss不再只认训练词表:留出基因与峰也能从DNA序列预测表达

    单细胞基因调控建模此前分成两条路:序列模型能读DNA调控语法却缺少细胞分辨率,单细胞组学模型把基因和峰当作固定词表里的标记,丢掉了序列本身。Muss用冻结的序列编码器从DNA导出峰和基因表示,再以峰间自注意力和带基因组距离偏置的峰—基因交互把它们连起来,并用峰掩码语言建模加配对scATAC-seq与scRNA-seq训练对齐细胞状态。在四个配对数据集上,它对训练中未出现的基因和峰仍能给出表达预测,留出序列设置下PBMC10K的伪批量PCC为0.684。

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