SpaCEy用可解释图神经网络把组织空间模式与临床结局相连,在肺癌与乳腺癌队列中同时提升预测并给出空间标记物
作者提出SpaCEy(Spatial Clinical Explainability),一种可解释图神经网络:把每个组织样本按Delaunay三角剖分建成空间图,节点为单细胞蛋白标志物丰度、不使用预定义细胞类型或解剖区域作为输入,用GNN学习预测嵌入并配GNNExplainer式解释器输出边掩码、再聚合k跳邻域得到节点重要性,从而定位与临床结局相关的连续空间区域和关键蛋白;在416例肺腺癌队列预测进展(准确率0.68、F1 0.68、AUC 0.62,优于Ali等0.61/0.59/0.57与SPACE-GM 0.55/0.52/0.52),在720样本JacksonFischer与460样本METAB