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Neal Kewalramani

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  1. bioRxiv

    单细胞时间序列不再只给黑箱嵌入:scCont用近邻配对加Shapley归因,把上皮-间质转化拆成可读基因模块

    scCont把时间序列单细胞RNA数据中的细胞状态转变拆成可解释的功能转变单元:它不依赖显式时间标签或聚类先验,而是用k近邻图在表达空间中挑选正样本对做对比学习,再用Shapley归因把潜在维度映射回基因程序。在4个SERGIO模拟数据集和13个上皮-间质转化时间序列数据集上,它给出的基因模块带有统计筛选和GO富集注释;模拟数据中k=10时,每个潜在维度归因最高的100个基因里背景基因占7.0%,而随机水平为73.3%。

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