Central China Normal University

同时测序单细胞转录组与三维基因组的技术已经能给出同一细胞的配对数据，但两类数据在噪声、尺度和生物学含义上差异很大，此前通常分开分析，各自学到的低维空间也不对齐。scHiR用两个模态各自的编码器把基因表达与染色质接触矩阵映射到同一个超球面潜空间，再分别重建两种信号。在HiRES、GAGE-seq和LiMCA三种技术产生的配对数据上，联合嵌入的聚类表现与单组学方法相当或更好，并在小鼠主嗅上皮数据上把伪时间与发育阶段的Spearman相关从单组学的0.357和0.205提高到0.517。

同时测序单细胞转录组与三维基因组的技术已经能给出同一细胞的配对数据，但两类数据在噪声、尺度和生物学含义上差异很大，此前通常分开分析，各自学到的低维空间也不对齐。scHiR用两个模态各自的编码器把基因表达与染色质接触矩阵映射到同一个超球面潜空间，再分别重建两种信号。在HiRES、GAGE-seq和LiMCA三种技术产生的配对数据上，联合嵌入的聚类表现与单组学方法相当或更好，并在小鼠主嗅上皮数据上把伪时间与发育阶段的Spearman相关从单组学的0.357和0.205提高到0.517。