IBDex把3,168份肠道活检冻成一张参照图谱：深度缓解压住炎症，却压不住疾病状态
核心概要
炎症性肠病的黏膜RNA测序长期按队列各自重建分子尺度，历史数据难以成为可复用的参照。IBDex用四个队列、1,680名患者的3,168份活检训练一个组织感知的条件变分自编码器，并以对抗方式压制队列身份，随后冻结基因接口、编码器、解码器、通路基与表型方向。冻结后在新队列中数据集身份平衡准确率降至0.307（随机为0.250），而炎症仍可判别（AUC 0.82）；93名内镜与组织学一致缓解的患者炎症接近对照（AUC 0.58），疾病状态仍偏离（AUC 0.725）。
深度剖析
肠道黏膜的批量转录组现在可以对照一张冻结的参照图谱来解读，而不必为每个新队列重建归一化、批次校正和通路尺度。 此前每个研究都在自己的队列内重建分子尺度，尺度属于队列而不属于组织，历史数据不断累积却不成为参照。 在留出的测试划分上，数据集身份的平衡准确率为0.307，随机水平为0.250；同一表征中结肠与回肠、诊断和炎症活动仍可解码，炎症方向的AUC为0.82（95%置信区间0.78–0.85）。
冻结后的图谱把炎症与一个更广的疾病相关分子状态分开，而常规的边际差异表达把两者混在一起。 在相同的3,000个基因和相同的样本上，炎症与疾病状态的差异表达对比相关系数为ρ = 0.834，前100个基因中共享51个。 同一批样本上，表型锚定的反事实扰动给出的两张响应图相关系数为ρ = −0.161，前100个基因只共享5个；炎症由TNF–NF-κB驱动，疾病状态由增殖、I型干扰素和代谢程序驱动。
内镜与组织学一致的深度缓解把炎症拉回对照附近，却没有把疾病状态拉回。 93名一致缓解患者与241名对照相比，炎症坐标的AUC为0.58（P = 0.021），疾病状态坐标的AUC为0.725（P = 1.8 × 10⁻¹⁰）。 与252名一致活动期患者相比，缓解在炎症上分离明显（AUC 0.165，P = 1.19 × 10⁻²¹），在疾病状态上则没有分离（AUC 0.518，P = 0.600）。
启示与展望
已展示的范围是四个构建队列的3,168份成人黏膜活检，以及三个未见IBD队列、一个olamkicept纵向试验和PSC、结直肠癌外部队列上的冻结投影；图谱限于固定的基因接口、已表征的解剖条件和与其预处理假设相容的数据。
PACP是拟合解码器沿表型方向的方向性响应，不是因果干预；外部疾病方向需要在投影之后用标签拟合。可靠性随通路和解剖部位变化，弱或不可检验的坐标被明确标注，不能当作等价测量；olamkicept试验中配对缓解者仅7人、非缓解者2人，相关轨迹只是描述性的。