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# 修饰类型无关检测

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  1. bioRxiv

    一个0.23M参数模型通吃五类DNA碱基修饰:无需未修饰对照,5hmU也能检出

    马里兰大学等团队发布的RawMod把每个位点上多条读段的纳米孔原始信号堆叠起来,与参考序列的预期信号逐位比较,用单个0.23M参数模型判断该位点是否存在修饰,而不区分修饰类型。在覆盖5mC、5hmC、4mC、6mA和5hmU五类修饰、跨细菌、噬菌体、植物、小鼠、人类与合成DNA的15个数据集上,它的平均AUROC为0.964,已发表模型中最高者为Dorado 4mC+5mC的0.799。它不需要同一样本的未修饰对照,但训练中未出现的修饰类型只有在同一碱基的另一种修饰参与训练时才能零样本迁移。

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