Fox 不再先建树：直接读宿主与共生体双份比对，推断比 ABC 基线快三个数量级以上
宿主与共生体的共进化事件频率过去要先重建宿主树、再做树间调和，树推断误差会传进结果。Fox 改用 transformer 直接从宿主与共生体的两份多序列比对及其对应关系输出共物种形成、宿主转换、丢失和重复四类事件的相对频率，模拟成本只在训练时付一次，之后每个新系统一次前向计算即可。在独立模拟器 treeducken 上，Fox 在 AmoCoala 能完成的 92 个数据集上平均绝对误差为 0.060，AmoCoala 为 0.131，且 Fox 推断快三个数量级以上。