# ESM2蛋白质语言模型

ESM2 的残基嵌入里，极性/非极性二元模式被组织成可读的几何结构。把全部 128 种七肽二元模式各生成 50 条序列、共 6400 条一起做保留位置的 PCA，前三个主成分构成“水母”形流形：疏水比例沿 PC1 展开，PC2 与 PC3 以近似正弦、余弦的方式编码七肽相位。换成电荷字母表仍有序，打乱氨基酸分组或改用非蛋白模型 ByT5 后这种环状组织消失。

ESM2 的残基嵌入里，极性/非极性二元模式被组织成可读的几何结构。把全部 128 种七肽二元模式各生成 50 条序列、共 6400 条一起做保留位置的 PCA，前三个主成分构成“水母”形流形：疏水比例沿 PC1 展开，PC2 与 PC3 以近似正弦、余弦的方式编码七肽相位。换成电荷字母表仍有序，打乱氨基酸分组或改用非蛋白模型 ByT5 后这种环状组织消失。